从永乐开始，历代皇帝都会不同水平上寄大政于内阁，皇上“其不接见臣下而能统治天下者，以有阁臣票拟故耳”。可是，他们谁也害怕担当违背祖制的罪行，谁也不肯从早已取得彻底胜利的皇权中，又取出一部分给阁臣共享。因此 内阁进度迟缓，并且一直以来都无法变成中央一级正式的行政机构。
明朝内阁制强化了君主专制制度。内阁制度伴随着皇权的高度強化而创建，权力的来源，由皇帝所授于，对君主专制的牵制效果比较有限。事无大小，内阁必须秉持皇帝的意旨做事，遂变成皇帝提升独裁的工貝，因而明朝的君主专制比列代尤甚，促长了君主专制，自身独特的特点。
形成阶段长，并且一直以来都沒有获得法定的地位
内阁与皇权矛盾重重，又一直以来都妥协在皇权的重压下
阁臣与皇上矛盾，除开体现为封还诏旨一类之外，许多 体现为阁臣在中叶之后持续明确提出离职。皇权与内阁矛盾，亦体现为明朝阁臣善始善终者少，有功绩的很少。明朝内阁权力不稳定，尽管有严嵩，张居正之显赫，但他们一是乘皇上静摄而代行皇权。一般阁臣而言，因为大部分全是文学侍从之臣出身，入阁后权力之大小，只决策于票拟被选用的状况，因此 呈现为不稳定，沒有保障，沒有持续性。
与汉、唐、宋对比，明朝辅相的业绩并不明显，这一方面虽然与入阁前之工作经历相关。汉、唐、宋之丞相必须经历郡邑，而明之阁臣却大部分出自于翰林院。他们沒有参政工作经验，不知道民俗困苦，对政务当然无法明确提出行之有效的对策。但另一方面，则因为他们权力不稳定，被司礼监挤着，被皇权压着，即便 有理想也难以展开。
显而易见，那样的内阁只能促长皇权，而不能监管、管束皇权。有明一代，内阁一直以来都无法变成对皇权的威协，从这一视角而言，明太祖朱元璋废丞相的目地是做到了。
内阁受限于司礼监，矛盾深刻
在中枢系统中，内阁有票拟权，司礼监有批朱权，是內外相维的双轨。但彼此影响力的特殊性使内阁无法与司礼监匹敌，彼此权力的大小，也是以皇上的向背为迁移而相互之间成比，因而，他们中间不太可能有真正意义上的相维相济，而也只能有对权力的猛烈角逐。皇上宠幸司礼时，司礼尽夺内阁权力，如刘瑾、魏忠贤时；不然便是权相出现，如严嵩、张居正时。但严嵩、张居正之显赫，还得巴结司礼监，便是明证。
纵观有明一代，内阁对太监之专权，虽亦起过一点制衡作用，如成化年间，因为阁臣一再坚持不懈，汪直主持的西厂一度被撤。但总体来说，内阁是愈来愈受限于司礼。内阁为司礼监遏制，以至明朝变成宦官为祸最烈的封建王朝。
内阁与六部常常互争权，矛盾重重
各代及明初，六部均归属于丞相，一切务必秉持丞相的信念，自撤中书省、提升 六部品秩后，六部变为直接对皇上负责，权力完整，并且在阁以上。但伴随着内阁品位的提升 ，又有票拟权，内阁比六部更靠近皇上，部权便在不同情况下、不同水平上为内阁所侵。可是，内阁终究有别于中书省。从规章制度上说，六部无须屈服于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。因此内阁借位尊势崇而试图操纵六部，六部则钻内阁沒有法律规定影响力和权力的空档，试图摆脱操纵。因此阁部常常争权，尤其是角逐管理权。
内阁与六部这类权力界线不清，工作方面相互失衡，大大的危害了明政府部门的管理效率。在客观性上，则有利于司礼监的擅权乱政。
内阁中矛盾激烈
特别是在明嘉靖之后，阁臣间的倾轧突显因为阁臣的任用、权力大小、去留，均沒有明文规定，又因为首辅与次辅间权力差距，在天启之前一直以来都无确立的职责权限。因此 阁臣间角逐权势的争斗猛烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩笼络科道罢免翟銮，使翟被“削籍为氓”。严嵩与夏言相互之间挤兑，致夏言被弃市。在阁内的争夺中，阁臣不仅分别栽培自身的阵营，导致明中叶之后的政冶日益腐坏。
从明朝内阁制度的诸多特点，由此可见内阁制度在那时候仍未能变成与君主专制政体彻底融入的辅政制度。内阁地位的独特又使它变成矛盾辐辏之所，各种各样矛盾的发展，无一不是加重了政治的腐坏。