李隆基发动政变，诛杀韦后和安乐公主之后，便拥李旦为皇帝，李旦随后就把李隆基封为皇太子。不过李旦对家国之事没多大兴趣，他本人也没什么治世之才，所以朝中事务大多交给经验丰富的太平公主和太子李隆基来打理。
尤其是太平公主，更是成了李旦的座上客，时常与李旦商讨国事直到深夜。而李旦对这个亲妹妹也十分器重，对其疼爱有加。疼爱到什么程度呢？
比如说太平公主有个男宠叫崔湜，早年是上官婉儿的情人，上官婉儿死后就投靠了太平公主，太平公主就请求李旦把崔湜封为东宫的“太子詹事”。不过李旦对这种一无是处、只会靠脸蛋吃软饭的小白脸相当鄙视，于是就给拒绝了。
跟着太平公主又跑到李旦面前，跪倒痛哭，一把鼻涕一把泪地央求李旦。李旦看着这个从小一起长大的妹妹，禁不住心软了，最终还是答应了她。
跟着太平公主污蔑皇太子李隆基实施厌术（巫术）谋害皇帝，不过不久就被戳穿了谎言。这种罪名，换作别人早就该掉脑袋了，然而李旦只是下令把太平公主逐出长安城，出居蒲州。
太平公主临走前还跑到李隆基面前，指着他鼻子把他臭骂了一顿。李隆基知道父亲十分疼爱这个姑姑，所以一声也不敢吭。
不过太平公主离开长安城还不到两个月，李旦又下令把她召回来了。
正是仗着哥哥的宠溺，太平公主的野心越来越膨胀，李旦在位期间，太平公主的权力达到了她人生中的最高峰，甚至可以任命朝中三品宰相和各个重要部门人员的调动升迁。
每当李旦不同意她的请求，太平公主就跑到他面前一哭二闹三上吊，所以每次李旦都只能无奈叹气，在任命诏书上盖了章。只是李旦不知道，正是他对太平公主这种无下限的宠爱，最终要了她的命。
李旦本来就对皇位不感兴趣，他更想过上逍遥自在的世外生活，所以做了一年皇帝之后，就打算退位给太子李隆基。不过被太平公主“涕泣以请”给阻止了。
第二次，李旦借助“天象异数”为由，决心退位给李隆基，自己称“太上皇”，除了朝中三品大臣的任命权和军事权之外，其余事务均交由新皇帝李隆基打理。
太平公主没办法，只得召集朝中党羽，密谋政变，除掉新皇帝李隆基。谁知却被李隆基带领高力士、郭元振、王毛仲等心腹将领率先发难，诛灭了太平公主党羽。太平公主本人也逃到南山寺中避难，不过三日之后被捉了回来。
李旦最不愿意看到的情况最终还是发生了，他一直想平衡李隆基和太平公主之间的关系，不忍看见二人刀兵相见，谁知到头来还是躲不过这场劫难。李隆基最终赐死了太平公主。
自己的儿子杀死了自己最疼爱的妹妹，这种感受是什么滋味，估计只有李旦自己心里清楚了。之后，李旦把权力全部交给了李隆基，自己过起了隐退的生活，自此彻底淡出了历史舞台。
不过太平公主死后，李旦精神也变得衰弱了，不到两年时间，自己也郁郁而终，终年54岁。