《坤舆万国全图》是意大利耶稣会的传教士利玛窦在中国传教时与李之藻合作刊刻的世界地图，是国内现存最早的、也是唯一的一幅据刻本摹绘的世界地图。地图以中国为中心，开创了中国绘制世界地图的模式。
南京博物院所藏《坤舆万国全图》，为明万历三十六年宫廷中的彩色摹绘本，是国内现存最早的摹绘版本。《坤舆万国全图》原图由意大利传教士利玛窦和明朝官员李之藻共同绘制，是中国最早的彩绘世界地图，它以当时的西方世界地图为蓝本，改变了当时通行的将欧洲居于地图中央的格局，而是将亚洲东部居于世界地图的中央，此举开创了中国绘制世界地图的先例。
意大利人利玛窦是最早进入中国的耶稣会传教士，他于公元1581年来到广东肇庆传教。在广东期间，他画了一幅标有西方文字的世界地图，这只是一幅小挂图，利玛窦将其挂在教堂门口供人们参观，却引起了中国人的好奇和围观，虽然普通百姓看不懂其标注的文字。公元1601年，利玛窦获得批准，进京朝见万历皇帝，他给皇帝敬献了自鸣钟、圣母像和世界地图等礼物，万历皇帝对他带来的世界地图很感兴趣。
不久之后，利玛窦和一位中国官员李之藻合作完成了一幅中文版的世界地图，再次献给万历皇帝，这就是《坤舆万国全图》。地图上不仅欧洲地名全部用汉字标注，而且中国各省的名称在地图上也都能找到。
利玛窦是个外国人，不可能对中国地理了如指掌，中国地理的部分则主要由李之藻完成。据史料记载，李之藻曾在工部担任官员，三十岁时就曾自己收集资料，绘制过一幅全国地图。《坤舆万国全图》完成后，利玛窦为新地图作序，还绘制了很多小图，作为大图的辅助说明。
该图于明万历三十年在北京临摹后，原本在国内渐渐失传。直到1922年，这幅图的临摹版出现在北平的古董市场上。
1922年，北平悦古斋主人韩懿轩有个16岁的儿子叫韩博文，他自幼学画、习书，常随父去古玩集市，虽未成年，已俨然是行内人了。这一年，韩博文在晓市上看到一幅很大的地图，摊贩说是宫里出来的东西，要价20大洋，围观的人群均对此不以为然。韩博文却仔细的观察起这个地图，只见地图分六幅，第一幅右上角有《坤舆万国全图》六个字及长篇题识，全图彩绘世界之地貌，中国正居其中，还有大量的地名标注。
韩博文看后不动声色将《坤舆万国全图》买下，带回悦古斋给韩懿轩看。韩懿轩也说不好这件东西的来历，于是请好友金梁过目。金梁是晚清进士，知识渊博，他略加考证，即确认此图乃是利玛窦绘制的世界地图，应为清宫内藏。
韩博文年纪轻轻就在晓市上收购到珍贵文物的消息不胫而走，常在悦古斋购买字画的一个美国人听说后，特意来到悦古斋要求高价收购此图。这时商务印书馆经理孙伯恒得知后立即告知了北平历史博物馆筹备处。时任馆长的裘善元立即派人与悦古斋磋商，并请金梁从中帮忙以重金将该图收购。
随着抗战爆发，《坤舆万国全图》随其他的文物南迁，流转到中央博物院筹备处，也就是现在的南京博物院的前身。全国解放后，这幅地图最终留在南京博物院。