董鄂妃的身世有多种说法，第一种说法就是正史说，第二种是秦淮八艳之董小宛说，第三种是襄昭亲王博穆博果尔福晋说。顺治帝与董鄂妃之事，历来为世人所瞩目。辛亥革命后，董鄂妃的来历问题，又引起人们的议论，先曾说她是明末秦淮八艳董小宛，后又认为她本顺治弟媳、襄亲王博穆博果尔的福晋。
前一种说法属于误解，较快得到澄清，后一种意见则绵延不绝，流传至今。现许多影视，小说都沿用重要这一意见。由于董鄂氏身前身后典礼过于特殊和身上各种谜、扑朔迷离的身世，这也是董鄂妃成为清初风云人物之一。
董小宛说
《清宫演义》、《清宫十三朝》、《武侠董小宛》等小说电视剧，均将孝献皇后董鄂妃说成是秦淮八艳董小宛。简要情节是：清军统帅洪承畴本是好色之徒，早闻“秦淮八艳”（马湘兰、卞玉京、李香君、柳如是、董小宛、顾眉生、寇白门、陈圆圆）之名，尤慕董小宛。洪在攻占江南时，果然生获董小宛，藏之府中，企图霸占，无奈小宛誓死不从。
洪无计可施，最后不得已，于顺治二年（1645）将小宛献入皇宫，遂成为顺治帝宠妃。也有说小宛是豫亲王多铎俘获，送入宫中的。
为什么将与董鄂妃风马牛不相及的董小宛扯在一起了呢？可能是因为她们俩的姓中都有一个“董”字，一些文人在编写野史时，为了使情节离奇，有吸引力，或出于对清朝皇帝的故意中伤，于是便采用了移花接木之术，将董小宛说成是董鄂妃了。其实，董鄂妃的“董”是满语译音，“董鄂”也有译为“栋鄂”、“东古”、“冬古”、“东果”的。
襄亲王福晋说
《孝庄秘史》、《少年天子》等电视剧，都认为董鄂妃原是襄亲王的福晋，后被顺治帝纳入宫中，成为宠妃。襄亲王，博穆博果尔，清太宗皇太极的十一子，生于崇德六年（1641）十二月二十日申时，其生母是懿靖大贵妃博尔济吉特氏娜木钟，顺治十二年（1655）二月二十一日册封为和硕襄亲王，第二年（1656）七月初三日己刻卒，年仅15岁。
汤若望记载
关于董鄂妃的来历，官修史书一概避而不谈，唯有《汤若望传》提供了下述线索：“1658年(顺治十五年)皇帝遭遇一酷烈打击。第三位皇后所生之子，原定为皇位继承者的，于产后不久，即行薨逝，关于这位皇子殡葬的情形，在以后继续数年的历史中是我们还不得不屡屡提及的。
钦天监内所设之一科，应行按照旧规则，规定殡葬正确地点与吉利之时刻。这一件事情是这一科里办理了的，并且还向朝中上有一份呈报。
可是这次殡葬仪式是归满籍之礼部尚书恩格德之所办理，他竟敢私自更改殡葬时刻，并且假造钦天监之呈报。于是这位皇子便被在一个不顺利的时刻里安葬。这样便与天运不合了。因此灾殃竟要向皇室降临。
这位皇子的母后不久崩殂，就是头一次所发生不吉利之事件。此外还有其他两件死亡事件继续发生。这两次事件是我们马上就要叙述的，并且最后甚至皇帝晏驾也都归咎于这次殡葬底舛错。”
《汤若望传》中还有一段汤若望的回忆：
顺治皇帝对于一位满籍军人之夫人，起了一种火热爱恋。当这一位军人因此申斥他的夫人时，他竟被对于他这申斥有所闻知的天子亲手打了一个极怪异的耳掴。这位军人于是乃怨愤致死，或许竟是自杀而死。皇帝遂即将这位军人的未亡人收入宫中，封为贵妃。这位贵妃于一千六百六十年产一子，是皇帝要规定他为将来的皇太子的。但是数星期后，这位皇子竟而去世，而其母于其后不久亦薨逝。
福临共有8个皇子，除玄烨外，在7个皇子中，皇二子福全、皇五子常宁、皇六子奇授、皇七子隆禧、皇八子永干等5人皆卒于康熙朝，勿庸考虑。这样只剩下皇长子钮钮和皇四子。
钮钮生于顺治八年（1651）十一月初一日，殇于顺治九年（1652）正月三十日，只活了89天，生母是庶妃巴氏。此子虽也是早殇，但不是殇于顺治晚年，而且他的生母是庶妃巴氏，未封过贵妃，因此，钮钮和巴氏不可能是汤若望所说的皇子和那位贵妃。那么只剩下皇四子。
该子生于顺治十四年（1657）十月初七日，殇于顺治十五年（1658）正月二十四日，生母是皇贵妃董鄂氏，即后来的孝献皇后。董鄂妃病逝于顺治十七年（1660）八月十九日。由此看来，汤若望所说的只能是皇四子和皇贵妃董鄂氏。
但这里有一个出入，一是皇四子生年是公元1657年，而汤若望所说是1660年。
显然，这里所说的“第三位皇后”与“贵妃”是指同一人，即皇贵妃董鄂氏。顺治十四年十月，顺治将董鄂妃之子作为未来的皇太子，举行隆重庆典，诏告天下，顺治帝并不以封董鄂氏为皇贵妃而满足，他认为惟有皇后的名位才配得起董鄂氏。
皇四子出生后又立即被顺治帝视为第一子，此时的顺治帝欲效仿前代故事,扶正这对母子,皇后博尔济吉特氏无宠，又不如妃善得太后欢，帝密有夺嫡意。”
董鄂妃18岁入宫，不符合选秀女的年龄，所以她应该不是通过选秀女的渠道入宫。而当时没有被选上秀女的少女，一般就嫁人了。所以她很可能是嫁人后才被选入宫。
传说也罢，猜想也好，最后归于一致的认识就是，这位董鄂氏不但才华出众，而且品行清丽脱俗，善解人意，深深地吸引了这位多情的少年天子的心，这位神秘的女子，让那么多的文人墨客魂牵梦绕，赋诗寄情；又让那么多的专家学者费尽心思，苦心研究论证。但是直到今天。她的身世依然是一个待解之谜。
不过最近有历史学家提出，顺治帝一生钟爱的董鄂妃的真实身份其实就是多尔衮的女儿东莪格格，多尔衮死后格格被当时的大臣鄂硕认领做了女儿，但是因为格格身份尊贵所以不能改名抚养，也就成了后来的董鄂妃。不过孝庄一直不怎么喜欢董鄂妃，不知道是不是因为知道她其实是多尔衮女儿的原因，所以一直反对她和顺治帝在一起。