顺治二年，大顺军在李自成意外牺牲之后陷入群龙无首的混乱，郝摇旗带着自己麾下的数万残部，从荆襄一带辗转南下进入湖南，正式和南明湖广总督何腾蛟达成合营抗清的盟约。曾经在农民军中因杀主将夺权备受同僚非议的他，在国破家亡的巨变面前，彻底放下了过去的流寇习气，接过南明隆武帝赐下的“郝永忠”之名，带着这支满身疮痍的军队，在湖广的千里山野之间，开启了长达十余年的转战抗清之路。
郝摇旗的军队是南明抗清体系里最悍不畏死的一支力量。他没有南明正规军的精良装备，麾下的士卒大多是跟着他从北方一路转战过来的老兵，所有人都熟悉山地野战，打起仗来人人敢冲在前。在湖南浏阳官渡，他设下伏兵两面夹击，一举击溃何腾蛟麾下最精锐的两支南明部队，随后又在清军南下的狂潮中，接连在湘阴、长沙等地阻击清军先锋，把原本望风而逃的南明军队的士气硬生生打了回来，让原本以为可以轻易席卷湖南的清军，第一次在湖广战场吃到了苦头。
顺治四年，清军集中数十万主力大举南下，湖南全境迅速沦陷，郝摇旗没有选择跟着南明的文官一路向南溃逃，而是带着自己的部队转战进入广西。在全州城外，他亲率精锐铁骑从小路突袭清军大营，一马当先冲入敌阵，把毫无防备的清军杀得全线崩溃，清军统帅怀顺王耿仲明仅带着少数亲军狼狈逃窜，数千精锐清军被当场歼灭，数百匹战马和大量军械全部被缴获。这场被南明称为“全阳奇捷”的大胜，是清军入关以来在湖广战场遭遇的最惨重的失败之一，也让此前一直看不起农民军的南明士大夫，第一次对郝摇旗刮目相看。
在之后的数年里，郝摇旗带着部队在湖广、广西的交界地带来回转战，哪里的防线吃紧他就出现在哪里。他在南明永历帝被清军追得四处逃亡的最艰难时刻，亲自带着部队护驾，把永历帝从桂林一路护送到柳州，数次在乱军之中把永历政权从覆灭的边缘拉回来。他严令麾下的士卒不得劫掠民间，每到一处就帮助当地的百姓恢复生产，在湖广的山野之间，建立起了多个稳固的抗清据点，让清军始终无法彻底控制湖南的偏远州县。
随着西南抗清局势的全面恶化，南明的主力部队接连溃败，郝摇旗没有像很多南明将领那样选择投降清廷，而是带着自己最后的残部，从湖广一路退入川鄂交界的夔东群山之中，和其他十余支抗清队伍组成了“夔东十三家”。他在这片大山里又坚持抗清十余年，直到康熙二年，清军集结十万大军三路围攻夔东，郝摇旗的营寨在弹尽粮绝之后被攻破，被俘之后宁死不降，最终从容就义。他用十九年转战湖广的铁血岁月，洗刷了自己早年的人生污点，从一个被人唾骂的叛将，最终变成了南明抗清史上最悲壮的铁血英雄之一。