世人多将朱三太子误作五皇子朱慈焕，其实真正的“朱三太子”是朱慈焕的同母哥哥----四皇子朱慈炤。这一误读与五皇子朱慈焕的“玄机慈应真君”的道号有关。
明崇祯帝共生七子，其中二、六、七子早殇，只剩下长子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈焕。"田贵妃生永王慈炤（四皇子）、悼灵王慈焕、悼怀王及皇七子。"
悼灵王朱慈焕五岁而病，帝视之，忽云：“九莲菩萨言，帝待外戚薄，将尽殇诸子。”遂薨。九莲菩萨者，神宗母，孝定李太后也。太后好佛，宫中像作九莲座，故云。帝念王灵异，封为孺孝悼灵王玄机慈应真君，命礼臣议孝和皇太后、庄妃、懿妃道号。礼科给事中李焻言：“诸后妃，祀奉先殿，不可崇邪教以乱徽称。”不听。十六年十二月，改封宣显慈应悼灵王，去“真君”号。
其时杨嗣昌剿匪缺饷，薛国观给崇祯出主意向贵戚借饷。周奎带头抵制崇祯的借饷。崇祯十三年（1640年）七月初五，年仅五岁的崇祯“绝爱之”的五皇子朱慈焕被借“九莲菩萨”之名活活吓死，崇祯放弃向贵戚借饷。
崇祯十三年七月，“皇五子薨，田贵妃遂茹素焚修，上亦为之减膳，于宫中大作斋醴，盖自是皇情少怿豫矣。十一月追封孺孝悼灵王，玄机慈应真君。礼科给事中李焻言：“诸后妃祀奉先殿，不可崇邪教，以乱徽称。”不听。十六年十二月，改封宣显慈应悼灵王，去“真君”号。改封“宣显慈应悼灵王”。
朱慈炤与五皇子朱慈焕同母。他才是困扰满清七十多年的真正的“朱三太子”。崇祯十五年三月，田妃病情沉重,“三月二十一日，册封皇四子为永王，田贵妃生，甫十龄，妃久病请封，且云“恐不及见”，故亟慰之。”
崇祯十七年（1644年），甲申之变发生后，李自成的大顺军攻入北京，崇祯十七年（1644年），太子16岁，三皇子定王慈炯13岁,朱慈炤刚刚十二岁。除了这三个儿子外，其他的儿子都已早逝。朱慈炤幼时被封为永王，在成大长人的皇子中排行第三。与对待女儿的方式不同，崇祯在死前命太子、皇三子、皇四子分别藏匿于公卿贵戚家中。
"太子最后出，不及至成国府，而匿民间。永王、定王并至嘉定府。十九日闯入，求上及皇太子。二十日起晨，嘉定侯周奎以永、定二王入朝。闯令行君臣礼，不从，遂长揖。闯曰：『若父何在？孤必无杀意，何不出一见孤』？永王（即四皇子朱慈炤）曰：『不能面受卿辱，自缢宫中，无他往也』。。。。四月九日，复入朝，闯命之跪，永王不屈。『何不杀我』！闯曰：『汝无罪，姑免』。"
最小的皇四子永王朱慈炤应该是兄弟姊妹中最幸运的一个，李自成的农民起义军撤离北京后，在大顺军中与哥哥定王失散，朱慈炤被李自成部下一个姓毛的将军带着逃到河南，他们卖了战马，买了耕地，准备种地为生，但是由于清朝查捕起义军风声很紧，毛将军自顾不暇，只好扔下朱慈炤又南逃了。朱慈炤当时只有13岁，自己便从河南往东南流浪到他祖先朱元璋的故乡安徽凤阳。
凤阳有一个姓王的乡绅，在明朝时作过谏官，了解到永王的身世，收留了他，并且让他冒充自己的孩子改名叫王士元（倒过来念即为“原是王”），和自己的孩子同窗读书。在王给事中去世后，朱慈炤十八九岁，他就又离了凤阳，流落到江南，因无所依靠，便到一座小庙里落发为僧，苟延岁月，偷生度日。后来又流浪到浙江余姚的一座古庙里安身。有一日一个姓胡的乡绅来到此庙，在闲谈中发现朱慈炤才华过人，便说：“子有如此才学，何为流于空门？”于是把他带到自己家中，改换衣帽，边耕边读，后来又把女儿嫁给了他，朱慈炤便在这里住下来，以余姚王士元为名靠教书为生。并且组成了有一妻一妾，六子三女一个孙子的大家庭。
过了些年，又通过朋友的介绍到山东张岱霖等人家中教书，到山东后改名叫张用观，他小心谨慎，唯恐暴露，所以在山东时，和李方远等人认识了二十余年，李家只知道他是浙东名士张老先生，连他在浙江时名叫王士元也不知道，当然更不知道他叫朱慈炤，是先朝的皇子了。
康熙四十七年（1708年）已经七十五岁的朱慈炤在山东被清廷捕获，全家处斩。由于满清入关打着”为明复仇“的口号，所以为了安抚中原民心，清政府表面上善待崇祯皇帝的后人，善待崇祯未死的女儿长平公主。但是皇子就完全不同了，皇子必须死。朱三太子案的爆发使满清政府陷入两难之中，为了既达到杀光前明流亡贵胄又不引发民愤的目的，清政府采取了之前的惯用手段，以假冒皇子的罪名将朱慈炤及其家族全部杀害。