秦琼作为唐初重要的将领，为唐朝统一战争出生入死，屡立大功，可以说是一员不可多得的猛将。不过近些年来，关于秦琼的最大争议就是他到底有没有参加过玄武门之变，网上有很多人都认为秦琼在李世民的玄武门之变中处于中立态度，并没有参加，还举出一些看似确有其事的证据，可实际上在笔者看来，秦琼是一定参加了玄武门之变，为什么这么说呢？
笔者先上两则史料证据：
《旧唐书·太宗本纪》记载,武德九年，皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌，尉迟敬德，房玄龄，杜如晦，宇文士及，高士廉，侯君集，程知节，｛秦叔宝}，段志玄,屈突通，张士贵等于玄武门诛之。
《旧唐书》列传18秦琼本传记载，六月四日，从诛建成，元吉。事宁，拜左武卫大将军食实封七百户。
从上面两则史料我们可以很清楚的看出，秦琼是一定参加了玄武门之变的，否则史书也不会把他的名字写进去。不过让大多数人不解的是，虽然史书记载了秦琼的名字，但是秦琼在玄武门之变中到底干了什么却没有明文记载，这让很多人认为秦琼实际上并没有参加玄武门之变，史书很可能是记载错误。
实际上，大多数人不清楚的是，玄武门之变虽然叫“玄武门”，但是李世民预先布置的战场却不仅仅限于玄武门，从目前史料来推测，至少有以下这几个地方：
临湖殿：伏击主战场，李世民率尉迟敬德，长孙无忌等九人布置于此，袭杀李建成、李元吉。
玄武门：阻挡战场，张公瑾，常何等人布置于此，抵挡东宫、齐王府的部队。
芳林门：防御战场，高士廉等人在此守候。
嘉酞门：防御战场，安元寿等人布置于此。
秦王府：防御战场。
从现有史料分析，秦琼并没有在临湖殿和玄武门，那么剩下的几个地方里哪个最有可能是秦琼镇守的地方呢？笔者认为极有可能是秦王府！
李世民虽然在玄武门内发动兵变，但他不可能将所有人都带去玄武门，尤其是他的家眷都需要留在府中保护，万一建成、元吉的余党趁乱攻破秦王府，那李世民即便取得了兵变的胜利，也是损失惨重。事实上，李建成和李元吉的部下确有这个想法：“鼓噪欲攻秦王府”，只不过没有实现罢了。因此秦王府无疑需要一个得力干将来镇守，从现存的史料中看，当时李世民已经带走了秦王府大部分的猛将，在所剩无几的人中，秦琼毫无疑问是最重量级的。
我们完全有理由推测，秦琼在玄武门之变中担任的主要任务是镇守李世民的大本营秦王府。而且据《旧唐书》长孙顺德传记载：武德九年，(长孙顺德）与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。又根据《旧唐书》李建成传记载：太宗左右数百骑来赴难，建成等兵遂败散。
也就是说，秦琼是参与过玄武门内的激烈战斗的，他的作用并不只是单单镇守秦王府，恐怕还兼具着支援的任务，这数百骑很有可能就是秦琼带来的秦王府人马。
除了这些证据，我们还可以从李世民玄武门之变后的爵位封赏诏书中得到答案：封长孙无忌等子郡县公诏，无忌、玄龄、如晦、敬德，各封一子郡公；士廉、君集、士及、叔宝、知节，各封一子县公。
如果秦琼没有参加过玄武门之变，他的一个儿子凭什么能够得到爵位封赏？上述的封赏的几人全都是玄武门的功臣，怎么可能就秦琼不是，这合理吗？
综上，我们可以板上钉钉的说，秦琼肯定参加了玄武门之变，而且作用颇为重要。那么，既然秦琼参加了玄武门之变，为什么没有在李世民当上皇帝后得到重用呢？连一次带兵出征的机会都没有。这恐怕主要是秦琼个人原因所导致的，秦琼在武德年间出征次数太过频繁，在战场上又太过勇猛，常常于万军从中取敌将首级，导致自己身上伤痕累累，疾病缠身。
秦琼自己也承认：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮，计吾前后出血亦数斛矣安得不病乎？”因此，贞观年间秦琼一直在家中养病，没办法强行带病出征，否则唐太宗会不用秦琼？贞观十二年，一代猛将秦琼病逝，死后获得了陪葬昭陵的荣誉，并在贞观十七年列入凌烟阁二十四功臣，这一生也可谓功成名就。