施琅是清朝初年的重要将领，字尊侯，号琢公，上疏吁请清廷在台湾屯兵镇守、设府管理，力主保留台湾、守卫台湾。因功授靖海将军，封靖海侯。
施琅在回到厦门后，便日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，亲自挑选工匠和船，历时数月，使原来全无头绪的水师船坚兵练，事事全备。
1683年（康熙二十二年）六月十四日，施琅督率水军由铜山出发。在进攻路线的选择上，施琅根据风向和敌方防御情况的情报，决定清军船队从铜山（今福建东山岛）启航，乘六月的西南季风向东穿越台湾海峡，首先夺取地处澎湖主岛以南、郑军防守薄弱的八罩岛。
这样就可获得船队的锚泊地和进攻出发地，占据上风上流的有利位置向澎湖发起攻击。攻下澎湖，扼敌咽喉，然后兵锋直指台湾，可顺利实施“因剿寓抚”的战略方针。
六月十六日，清军舰队向澎湖郑军发动第一次进攻，初战失利。施琅很快吸取教训，对下一步作战行动进行了周密筹划和部署。施琅将清军分为四部分：施琅亲率56只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫；
总兵陈蟒等率领由50只战船组成的东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫；总兵董义等统率另50只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯动登陆，牵制西面的郑军；其余80只战船作为预备队，随主攻部队跟进。
十八日，施琅先派战船攻取澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。二十二日早七时，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。
经过9小时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵1.2万人，俘获5000余人。击毁、缴获郑军战船190余艘。郑军主将刘国轩乘小船从北面的吼门逃往台湾。此役清军阵亡329人，负伤1800余人。
此后，施琅又一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在施琅大军压境之下，郑克塽茫然地说：“现在台湾人心风声鹤唳，继续守卫台湾恐怕右边啊；士卒满目疮痍，再战下去恐怕难以取胜。还是应当请降，以免今后追悔莫及。”郑克塽听从了刘国轩的劝告。
八月十三日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。施琅入台之后，主动前去祭郑成功之庙，对郑氏父子经营台湾的功绩作了高度的评价，并称郑氏收复台湾是为国为民尽职的举动，对郑成功毫无怨仇。祭祀完成之后，施琅哽不成声，热泪纵横。
郑氏官兵和台湾百姓深受感动。赞扬施琅胸襟宽广，能以大局为重。冷静处理公义私怨的关系，远非春秋时期的伍子胥所能比拟。
当时，清廷内部对台湾地位的重要性认识不足，对是否留台存在争议。施琅上疏力主留台卫台。在分管兵部的清朝东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅（乃分管兵部的内阁大臣潘湖叟黄锡衮的妹夫）的意见打动了康熙帝和朝中大臣，清廷终于决定在台湾设府县管理，屯兵戍守。