乾隆二十四年（1759年），随着大小和卓兄弟的败亡，一场持续三年的叛乱在葱岭以东的南疆大地落下帷幕。这场由白山派首领波罗尼都、霍集占兄弟发动的叛乱，不仅考验着清朝对西北边疆的统治能力，更成为清代疆域整合的关键节点。清廷以军事平叛为契机，通过设立伊犁将军这一标志性举措，完成了对新疆地区的系统性治理，为后世“大一统”格局奠定了制度基础。
一、叛乱溯源：准噶尔余波与宗教势力的反扑
大小和卓叛乱的爆发，与清朝平定准噶尔的战争密切相关。乾隆二十年（1755年），清军攻灭准噶尔汗国后，释放了被囚禁数十年的波罗尼都、霍集占兄弟。作为伊斯兰教白山派（和卓派）的首领，二人被乾隆帝委以招抚南疆各城之任。然而，当清军主力回撤后，阿睦尔撒纳的叛乱为大小和卓提供了可乘之机——他们趁机控制喀什噶尔、叶尔羌等地，逐步构建起割据政权。
霍集占的野心在乾隆二十二年（1757年）彻底暴露。他公然杀害清军副都统阿敏道，并自立为“巴图尔汗”，公开挑战清朝权威。此时，南疆回部已形成以大小和卓为核心的宗教军事集团，其势力范围西至葱岭、东达库车，对清朝西北边疆构成直接威胁。
二、平叛战争：兆惠的“黑水营突围”与军事创新
乾隆二十三年（1758年），乾隆帝命定边将军兆惠率军西征。这场战争的残酷性远超预期：在叶尔羌之战中，兆惠所部4000清军被3万叛军围困于黑水营长达三个月。面对绝境，清军以“掘井取冰”“焚尸御寒”等极端手段坚守，最终等来富德率领的援军，实现惊天逆转。此役不仅展现了清军顽强的战斗力，更催生了“以少胜多”的战术创新——兆惠通过“分队突围、夜袭敌营”等策略，有效瓦解了叛军的人数优势。
战争的高潮出现在乾隆二十四年（1759年）。清军分两路进击：兆惠自乌什攻喀什噶尔，富德由和阗取叶尔羌。在伊西洱库尔淖尔之战中，清军利用火器优势击溃叛军主力，大小和卓被迫率残部逃亡巴达克山（今阿富汗东北部）。最终，巴达克山首领素勒坦沙将二人斩首，叛乱彻底平定。
三、制度重构：伊犁将军的设立与边疆治理转型
平叛胜利后，清朝面临的核心问题转为如何实现“长治久安”。乾隆二十七年（1762年），清廷正式设立伊犁将军，作为新疆地区的最高军事行政长官。这一举措具有三重战略意义：
军事防御体系化：伊犁将军统辖天山南北驻军，在伊犁、塔尔巴哈台、喀什噶尔等要地筑城屯田，形成“点线结合”的防御网络。例如，伊犁惠远城成为清朝在西北的军事指挥中心，其驻军规模常达万人以上。
行政管辖多元化：伊犁将军下设参赞大臣、办事大臣等职，分驻南疆八城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔）及北疆各地。这种“军府制”管理模式，既保留了蒙古盟旗制度的灵活性，又融入了内地行省制的层级特征。
民族政策差异化：针对南疆维吾尔族聚居区，清廷实行“伯克制”与“札萨克制”并行的地方治理模式——保留原有伯克（地方官）体系，但由清朝任免并限制其权力；对哈萨克、布鲁特等游牧民族，则通过“羁縻政策”维持松散联盟。
四、历史回响：从“十全武功”到现代疆域观
平定大小和卓叛乱被乾隆帝列为“十全武功”之一，其历史价值远超军事胜利本身。通过伊犁将军的设立，清朝实现了对新疆的“直接统治”，结束了自唐安西都护府废弛后，中原王朝对该地区长达千年的“间接管理”模式。这一制度创新不仅巩固了清代1316万平方公里的疆域，更塑造了现代中国“西北边疆”的地理认知——今日新疆生产建设兵团的屯垦戍边模式，仍可追溯至伊犁将军时期的军事屯田传统。