人物争议
死因争议：致病而死
1864年3月，天京合围后，城内粮食不足，洪秀全带头吃“甜露”（草团）充饥，因而致病。1864年6月1日（同治三年4月27日），洪秀全病逝天京，清军在城陷后将他的遗体毁掉。
服毒而死
李秀成是太平天国后期的主要将领，洪秀全去世时，他在天京主持天京保卫战，对天王府的情况当有较确切的了解。曾国藩刊刻的《李秀成自述》中，言及洪秀全之死：“天王（洪秀全）斯时焦急，日日烦躁，即以四月二十七日服毒而亡。”其后半部分中说：“天王之自杀，更令全局混乱。”太平天国的对手、曾国藩在一八六四年六月二十三日（7月26日）的奏稿中说：“首逆洪秀全实系本年五月间，官军猛攻时，服毒而死。”
根据上述资料，大多史家认为洪秀全系“服毒自杀”。郭廷以说洪秀全之死，“以服毒说为近真”；简又文在《太平天国全史》中指出，洪秀全自杀是“事实”；罗尔纲《太平天国史稿》根据《李秀成自述》内容，认为洪秀全“四月十九日（天历，即1864年6月1日）服毒逝世”。但当时的学者对洪秀全自杀说，已有一定程度的怀疑。
功过争议
新中国建国后的一段时间里，学术界对洪秀全的评价基本上是肯定与褒扬。1964年，戚本禹挑起了一场批判李秀成的论争，使得以影射史学为特征的极“左”思潮在中国大地上泛滥。在随后发生的“文化大革命”中，称颂太平天国，颂扬洪秀全的做法达到了登峰造极的地步。太平天国农民运动被说成是新民主主义革命，洪秀全被称之为革命领袖，甚至以洪秀全划线，以此区分太平天国历史人物的功过。一时间，洪秀全头顶佛光，被称做为“千古完人”。
在中国，对于洪秀全是“民族英雄”还是“邪教教主”，是“农民领袖”还是“专制暴君”，至今论争不休，莫衷一是。
后世纪念
洪秀全在广东以前居住的房屋在金田起事后被清军焚毁。1961年，当时的广州市文物考古队在发掘房屋墙基后重建。建筑结构为泥砖瓦木，屋内有一厅五房，六间相连。房屋坐北向南，东西宽16.5米、南北深5.5米，每间房约13平方米。靠西边的第一间设置为洪秀全夫妇住房，室内仅有床、桌子和凳子。第二间房子正面挂有洪秀全太祖洪英纶夫妇画像，画像有洪秀全的亲笔题诗。此建筑1988年1月被中国国务院公布为全国重点文物保护单位。1991年11月对外开放的洪秀全纪念馆，位于花都市新华镇新华路52号。该纪念馆占地面积1.33万平方米，建筑面积1715平方米。内有文物70余件，图片238张。并在广州花都区狮岭镇纳海大道东9号有一个洪秀全水库，水库风景秀丽。
2006年，“天王故里”景观被评定为“花都新八景”之一，景点以“洪秀全故居”为重点，还包括有“洪氏宗祠”、“书房阁”、洪秀全亲手种植的龙眼树、菩提树、水井等。