1661年（清朝顺治十八年，南明永历十五年）三月，郑成功亲率2.5万名兵将，分乘百艘战船，从金门出发。他们冒着风浪，越过台湾海峡，在澎湖休整几天准备直取台湾。
横渡海峡
1661年（永历十五年）阴历二月，郑成功率领众将士在金门“祭天”“礼地”“祭江”，举行隆重的誓师仪式。一切准备就绪，船舰将士集结于料罗湾，候风进发。二十三日，郑成功亲率将士25,000（一说11,700）、战船数百艘（一说300艘）自金门料罗湾放洋，向东挺进。
二十四日晨，部队横越台湾海峡，陆续到达澎湖群岛。次日。郑成功到各岛巡视，认为澎湖在军事上很重要，遂令四位将领留守，自己率军继续东征。澎湖到台湾虽然只有52海里，但如遇逆风，就十分困难。二十七日，郑成功率军驶抵柑橘屿（今东吉屿、西吉屿）海面时，突然刮起暴风，只好返回澎湖。因大风不止，郑军携带的粮食已所剩无几。如果无限期停驻澎湖候风，不仅会影响军心，更重要的是不能按预定日期开进鹿耳门港。
根据郑成功事先的调查，要顺利进入鹿耳门，必须利用每月初一日和十六日的大潮，如错过时机，就要向后推迟半个月。在这种情况下，郑成功当机立断，决定进行强渡。一些将领鉴于风大浪险，力劝郑成功不要贸然从事，要求暂缓开航。郑成功果断地说：“冰坚可渡，天意有在。……不然，官兵岂堪坐困斯岛受饿也。”于是，他下令立即起碇开船。
三十日晚，郑成功亲自率船队冒着暴风雨横渡海峡。他们同风浪搏斗了半夜，于四月一日拂晓航行到鹿耳门港外。郑成功先换乘小船，由鹿耳门登上北线尾，踏看地形，并派出精良的潜水健儿进入台江内海，侦察荷军情况。