施琅与郑成功因为曽德事件决裂，又因为郑成功杀了施琅的父亲弟弟，施琅投降清朝。施琅归顺清朝后并没有被重用，依靠妻子在北京当女红裁缝贴补家用所需，每天在府内耐心等待朝廷起用。
1652年（顺治九年），曾德事件导致施琅与郑成功公开决裂。自从郑芝龙降清后，曾德似乎不大得志，在郑成功军中受施琅节制。
施琅既被削去兵权，曾德为求出头之日，利用过去在郑氏家族军队中的关系投入成功营中充当亲随，即所谓“恃郑氏亲昵，逃于郑所”。施琅听到消息后，大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。
郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，就在五月二十日密令援剿右镇黄山以商量出军机宜为名逮捕施琅之弟施显，同时，命右先锋黄廷带领兵丁包围施琅住宅，将施琅和他的父亲施大宣拘捕。施琅被捕后，在一些亲信部将和当地居民的掩护和帮助下逃到大陆。
郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，在七月间把施大宣、施显处斩。施琅得知父亲和弟弟被杀的消息，对郑成功恨之入骨，死心塌地投靠清朝，一意同郑氏为敌。
1656年（顺治十三年），施琅随清定远大将军济度进攻福州，被授予同安副将的职务。后调北京任内大臣期间，甚为贫苦，依靠妻子在北京当女红裁缝贴补家用所需。
1659年（顺治十六年），清廷升任施琅为同安总兵。1662年（康熙元年），施琅升任为福建水师提督，遣军击败郑经进攻海澄的军队，并上书清廷将台湾纳入清朝的版图。终于获得康熙帝的支持。期间郑成功在台湾病逝、郑经继为延平郡王。
郑经接替郑成功后，由于内部陈永华（郑克臧岳父）和冯锡范（郑克塽岳父）发生内讧。病中的郑经把政务交由长子郑克臧处理，克臧聪明能干，做事井井有条，从来没有过失，也很受郑经的宠爱和信任。
郑经病逝后，冯锡范毒死郑克臧，立十一岁的傀儡郑克塽为延平王，冯锡范专横，贪赃枉法，大失人心。1664年（康熙三年）施琅由于建议，清朝派他率兵收复金厦新胜，预备进攻澎湖，直捣台湾，使国家四海归一，边民无患。
1667年（康熙七年），孔元章赴台招抚失败后，施琅即上《边患宜靖疏》，次年又上《尽陈所见疏》，强调不能容许郑经等人顽抗，盘踞台湾，而把五省边海地方划为界外，使得东南地区赋税缺减，人民愈加贫困；必须速讨平台湾，裁减当地的军队，恢复地方上的经济，增加赋税，使得民生得以安定，边疆可以安稳。
他分析双方的力量，指出台湾兵马总计不满二万多，船兵大小不上二百号，他们之所以能占据台湾，是因为汪洋大海为他们提供了保障。而福建水师官兵共有一万多人，管制的陆上兵马和投降清朝的官兵也有不少，只要从中挑选劲旅二万，足以平定台湾。他主张剿抚兼施，从速出兵征台，以免养虎遗患。
施琅这一主张，受到以鳌拜为首的中央保守势力的攻击，以海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全为借口，把他的建议压下来。
施琅的议谏被束之高阁，甚至裁其水师之职，留京宿卫，长达13年，但他仍然矢志复台报仇，实现自己的意愿。在京之日，他密切注视福建沿海动向，悉心研究风潮信候，每天在府内耐心等待朝廷起用。