清顺治三年（1646年），波雅科夫率领残部经马亚河、阿尔丹河进入勒拿河，逃回雅库次克。波雅科夫回去后扬言，只要派兵300，修上3个堡寨，就能征服黑龙江。波雅科夫带回的有关黑龙江流域的情报和他提出的武力侵入黑龙江流域的打算，引起了沙俄当局的重视和赞许。
顺治六年（1649年），雅库次克长官派哈巴罗夫率兵70名从雅库次克出发，于这年末侵入黑龙江，强占中国达斡尔头人拉夫凯的辖区，其中包括达斡尔头人阿尔巴亚的驻地雅克萨城寨（今黑龙江左岸阿尔巴金诺），遭到当地人民的抵抗。哈巴罗夫将同伙交由斯捷潘诺夫率领，自己回雅库茨克求援。
次年夏末，哈巴罗夫率领138名亡命之徒，携3门火炮和一些枪支弹药，再次侵入黑龙江，强占雅克萨城，不断派人四出袭击达斡尔居民，捕捉人质，掳掠妇女，杀人放火。九月底，哈巴罗夫又率领侵略军200余人，侵入黑龙江下游乌扎拉河口（今宏加里河）中国赫哲人聚居的乌扎拉村，强占城寨，蹂躏当地居民。英勇的赫哲人民奋起抗击，并请求清政府予以支援。
顺治九年（1652年）二月，清政府令宁古塔章京（官名）海包率所部进击，战于乌扎拉村，打死沙俄侵略者10人，打伤78人。清顺治十五年（1658年）六月，宁古塔都统沙尔瑚达率战舰40艘同侵略军激战于松花江下游，歼敌270人。
顺治十七年（1660年）宁古塔将军巴海率水军破敌于古法坛村，斩首60余级，溺水死者甚众。经过中国军民的多次打击，侵入中国黑龙江流域的俄国侵略军一度被肃清。后来，沙俄侵略势力又到雅克萨筑城盘踞。清政府虽多次警告，都无济于事。在同沙俄的长期交涉中，清朝皇帝看到，若非“创以兵威，则罔知惩畏”，于是决意征剿。
同时也认识到，“昔发兵进讨，未获翦除”的原因，一是黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔出兵反击，每次都因粮储不足而停止。二是沙俄侵略军虽为数不多，但由于“筑室散处，耕种自给”，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成“我进彼退、我退彼进，用兵不已，边民不安”的局面。
针对这种情况，康熙采取恩威并用、剿抚兼施的方略，即发兵扼其来往之路，屯兵永戍黑龙江，建立城寨，与之对垒，进而取其田禾，使之自困。同时再辅以严正警告。
如果侵略军仍执迷不悟，则坚决予以翦灭。为此，康熙采取了一系列措施，加强边防建设，准备剿灭沙俄侵略军：侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者；屯戍要地，康熙二十一年（1682年）十二月，决定调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵1500人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。
后鉴于两处距雅克萨路途遥远，令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往爱珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。这些措施，适合当时东北边防斗争的需要和特点。