在明代思想史的脉络中，顾宪成与王阳明虽未直接产生师徒关系，但二者通过学术传承与思想交锋形成了复杂的关联。顾宪成作为东林学派创始人，既是王阳明心学的三传弟子，又是其理论的重要批判者，其思想轨迹体现了明代学术从心学到程朱理学的转向。
一、学术传承：王阳明心学的三传弟子
顾宪成早年师从薛应旗，而薛应旗是王阳明弟子欧阳德的再传弟子，因此顾宪成被视为王阳明心学的三传传人。薛应旗晚年兼采程朱理学，重订《考亭渊源录》，并将此书传授给顾宪成兄弟，使其在继承心学的同时亦受朱学影响。这种学术背景使顾宪成对王阳明心学既有传承，又有反思。
王阳明心学以“致良知”为核心，强调“心即理”与“知行合一”，主张通过内心体悟实现道德自觉。顾宪成虽承认良知为先天本体，但反对王门后学“现成良知”派取消工夫的倾向，认为“良知现成，不用费纤毫气力和工夫”的空话既误己又误人。他主张“重修所以重悟”，强调道德修养需通过后天实际工夫实现，而非依赖先天良知。
二、思想批判：针对心学末流的矫正
顾宪成对王阳明心学的批判集中于两点：本体与工夫的割裂、知行关系的虚化。
本体与工夫的割裂
王阳明主张“即本体即工夫”，认为本体与工夫合一；而王门后学“先天良知派”则以领悟本体销融工夫，导致空谈心悟、取消为善去恶的实际修养。顾宪成反对这一倾向，主张“修悟双捉”，即通过实际工夫实现本体体悟，反对不修而悟的虚无主义。
知行关系的虚化
王阳明提出“知行合一”，强调知与行的动态统一；而顾宪成认为这一理论生硬地割裂了知与行的统一关系，指出“知与行原是一而二、二而一”。他批判王阳明知行合一说是“心即理”思想的翻版，强调知行需通过实际工夫结合，而非仅依赖内心体悟。
此外，顾宪成还批判王阳明“无善无恶心之体”的命题，认为其流弊甚于朱熹之支离，被甘泉学派、程朱学后学、东林学派群起而攻之。
三、思想转向：从心学到程朱理学的融合
顾宪成在批判心学的同时，试图调和朱子学与阳明学，以朱学的实地工夫来救治良知现成论之弊。他主张“性善是人人固有的潜在本体，但成为尧舜是由工夫造成的”，强调道德修养需通过后天实际工夫实现。
在讲学中，顾宪成以“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心”为座右铭，反对空谈心性，主张讲学需与世情结合。他重建东林书院，与高攀龙、钱一本等人讲学其中，议论朝政，形成晚明著名的东林运动。其思想对明末清初的顾炎武、黄宗羲等人产生重要影响，推动了明清之际学风的转变。
四、历史评价：思想传承中的批判者
顾宪成虽为王阳明心学的三传弟子，但其思想更倾向于程朱理学。他批判心学末流的空疏之弊，主张以朱学的实地工夫来彰显阳明本体，体现了明代学术从心学到程朱理学的转向。
黄宗羲在《明儒学案》中指出：“东林之学，顾导源于此（欧阳德弟子薛应旗），岂可没哉！”这既肯定了顾宪成与王阳明心学的学术传承关系，也揭示了其在思想传承中的批判者角色。顾宪成的思想对后世产生深远影响，成为明代思想史中不可忽视的重要一环。