少林寺是汉传佛教禅宗的祖庭，隋末唐初时期，禅宗在汉佛教，禅宗逐渐在汉传佛教内部取得了决定性的地位，于是少林寺的宗教地位得以完全确立。当年李世民与王世充、窦建德苦战多年，少林寺派出十三名棍僧，帮助唐军拿下了一座久攻不下的坚固城池，为统一天下做出了贡献。
十三棍僧的武功不是重点，而是少林寺的宗教影响力。这就是李世民继位后亲近少林寺，并对僧侣封赏和吸收少林武僧为僧侣战士的根本原因。事实上，中国古代寺庙培养武僧是非常常见的，但只有少林和他的分院武僧可以被编入军队。宋朝开国皇帝宋太祖赵匡胤也是少林的俗家弟子，他会提防着武将夺权，但却信任师门中的僧兵，所以少林寺的势力在北宋达到了顶峰。
少林寺不仅在全国许多大城市都设立了分支机构，而且在许多重要军事地区附近也设立了一些小分支机构，作为正规军的补充点。例如，在宋朝的历史上，有记载说李元昊正在推进他的军队试图绕过关隘，被少林分部的僧侣和士兵发现了。他们一边派人通知驻军，一面发动附近的道士和村民抢占有利地形坚守。李元昊看到战斗机已经失去，所以他不得不撤退。
福建少林很有名。一方面是清初较为完备，但更重要的是与天地会有关。天地会最早的成员就是南少林幸存者。在港台影视圈，又与天地会分支有着千丝万缕的关系。因此，有一段时间，他们喜欢拍这种类别的武打片，于是南少林也就因此被抬得可以与嵩山本院齐名。
了解了以上，我们就可以知道，福建的几个南少林其实没有正宗不正宗的问题，只有嵩山本院才能谈的上是正宗的。