韩琦为相十载、辅佐三朝，为北宋的繁荣发展做出了贡献，宋人欧阳修赞其“临大事，决大议，垂绅正笏，不动声色，措天下于泰山之安，可谓社稷之臣”。
自嘉祐三年六月起，韩琦开始了十年的宰相生涯。韩琦为相后，首先遇到一个大问题便是立储。当时，仁宗因连失三子（杨王赵昉、雍王赵昕、荆王赵曦），心情沉重，身体一直不好。至和年间又因患病，无法御殿，而皇嗣又一直未立，朝廷内外深为担忧。
立储涉及到国家的安危，不少大臣尤其是包拯、范镇、司马光等人反复上奏，恳请仁宗及早立嗣，以固根本，但仁宗一直未允。如此拖延五、六年之久，立储之事仍未定下。
韩琦作为宰相，对立嗣之事十分关心，他趁朝中事态缓和、仁宗心平气静之际，建议道：“陛下春秋高，未有建立，何不择宗室之贤者，以为宗庙社稷计？”但仁宗当时仍期待后宫能再生皇子，故而未置可否。
后来，有一天，韩琦手拿《汉书·孔光传》对仁宗说：“汉成帝即位二十五年无嗣，立弟之子定陶王为太子。成帝，中才之主，犹能之，以陛下之圣，何难哉！太祖为太子。太祖为天下虑、福流至今”，所以他希望仁宗效仿宋太祖所为，“则无不可者”。
在韩琦的极力劝说下，仁宗终于下定决心，于嘉祐七年八月立堂兄、濮王赵允让之子赵宗实为皇太子，赐名曙。次年三月，仁宗去世，韩琦宣读遗制，赵曙继位，是为宋英宗。英宗被确立为储君，韩琦应推首功。但他从不在别人面前夸耀此事。
《宋史》卷312《韩琦传》：帝既连失三王，自至和中病疾，不能御殿。中外惴恐，臣下争以立嗣固根本为言，包拯、范镇尤激切。积五六岁，依违未之行，言者亦稍怠。至是，琦乘间进曰：“皇嗣者，天下安危之所系。自昔祸乱之起，皆由策不早定。陛下春秋高，未有建立，何不择宗室之贤者，以为宗庙社稷计？”
帝曰：“后宫将有就馆者，姑待之。”已又生女。一日，琦怀《汉书·孔光传》以进，曰：“成帝无嗣，立弟之子。彼中材之主，犹能如是，况陛下乎。愿以太祖之心为心，则无不可者。”又与曾公亮、张昇、欧阳修极言之。会司马光、吕诲皆有请，琦进读二疏，未及有所启，帝遽曰：“朕有意久矣，谁可者？”
琦皇恐对曰：“此非臣辈所可议，当出自圣择。”帝曰：“宫中尝养二子，小者甚纯，近不慧，大者可也。”琦请其名，帝以宗实告。宗实，英宗旧名也。琦等遂力赞之，议乃定。
英宗继位之初，就身患疾病，由嫡母曹太后垂帘听政。英宗非仁宗亲生，即位后又想有所作为，而曹太后思想较为保守，加之个别内侍从中挑拨，致使两宫生隙。
韩琦为为缓解两宫矛盾，解决政治危机，费尽心力。他一面劝说太后，一面安慰英宗，并以舜帝之孝相劝。英宗听后，很受感悟，自此不再怨说太后，两宫关系渐趋和好。不久，曹太后撤帘还政，北宋最高统治集团之间的一场政治危机被妥善化解。
在“濮议”中，韩琦与欧阳修等顺应英宗之意，建议尊其生父赵允让为皇考，但遭到了王珪、吕诲等人的反对，他们力主称仁宗为皇考，赵允让为皇伯。英宗自治平二年起将此事交太常礼院讨论，争论持续十八个月，韩琦等劝说曹太后签押同意，称赵允让称“皇”，其三位夫人并称为“后”，贬吕诲、吕大防、范纯仁三人出外。
治平三年十二月，英宗病重。韩琦作为宰相，又有考虑立储之事。他向英宗劝道：“陛下久不视朝，中外忧惶，宜早立皇太子，以安众心”英宗同意，立颖王赵顼为皇太子。次年五月，英宗病逝，赵顼继位，是为宋神宗。