顺治十八年（1661）正月初二，福临安排吴良辅出家为僧。这天他亲临悯忠寺观看吴良辅出家仪式。归来的当晚即染上天花，发起高烧来。他预感病体沉重，势将不支，初六日深夜急召礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙及原内阁学士麻勒吉入养心殿，口授遗诏。
王熙、麻勒吉二人退至乾清门下西围屏内，以初七一天的时间撰拟。一共三次进给皇上预览，皇帝三次亲自斟酌，刚到晚上才决定。当夜，年仅二十四岁的顺治帝与世长辞了。
福临晏驾后，麻勒吉及侍卫贾卜嘉二人手捧遗诏去奏知皇太后，马上向诸王贝勒贝子公大臣侍卫等人宣布。遗诏立八岁的皇三子爱新觉罗·玄烨为皇太子，继帝位，命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。
遗诏实为罪己诏，共罗列十四条罪过，主要是未能遵守祖制渐染汉俗，重用汉官致使满臣无心任事，几乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政绩。至于这是否福临本意，即这十四条是否福临过目批准的已无从知晓。
但却留给了后世之疑：遗诏公布前先奏知皇太后；遗诏的主要起草者王熙事后对此守口如瓶。因此，人们有理由说遗诏本出太后授意，确实是母亲责备儿子的话。
福临崩后，梓宫放在了景山寿皇殿。四月十七日，由再次进京的茆溪行森执行火化仪式。火化后宝宫（骨灰罐）安葬于遵化马兰峪，是为孝陵。庙号世祖，谥号章皇帝，后世累有尊谥，至乾隆元年（1736年）尊谥加为二十二字：体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝。
“罪己诏”是古代的帝王在朝廷出现问题、国家遭受天灾、政权处于安危时，自省或检讨自己过失、过错发生的一种口谕或文书。它通常是在三种情况下出现：一是君臣错位，二是天灾造成灾难，三是政权危难之时。用意都是自责，只是情节轻重有别。
《清世祖实录》中的记载异常简短，“丁巳，夜，子刻，上崩于养心殿。”关于皇帝的死，却只是寥寥数语。而我们所知道的是《清世祖实录》是比较权威的清史文献的。《实录》中花了两百多字来描述顺治帝，却只用了十几个字来描述他的死亡。
我们所知道另一份清朝皇室的家谱《玉牒》，也只是记录了顺治帝驾崩的时间，但是对于他的死因却避而不说。
第一种关于顺治皇帝的死的原因，人们说顺治皇帝最喜欢一些漂亮的美人，不喜欢自己的江山，自己去了五台山出家，然而最后却老死在五台山。
第二种说法是说，顺治死于天花，古代的医术还没有得到近一步的发展，对于天花这样的病，当做瘟疫一样来对待。
而顺治皇帝的死第三种说法也是最近两年才被提出来的，郑成功的后人郑万龄偶然发现手抄本《延平王起义实录》。这本书中载：有人密报郑成功，高崎之战中，顺治皇帝在厦门思明港被炮击没，清军将领达素不敢对外公布这个消息。《延平王起义实录》中称：顺治被炮毙后，达素畏罪自杀。