锦衣卫即锦衣亲军都指挥使司，皇帝的侍卫机构。前身为明太祖朱元璋时所设御用拱卫司。为了监视、侦查、镇压官吏的不法行为，太祖先后任用亲信文武官员充当“检校”，“专主察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事，无不奏闻。”
明洪武二年（1369）改设大内亲军都督府，十五年（1382）设锦衣卫，作为皇帝侍卫的军事机构。朱元璋为加强中央集权统治，特令其掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦察、逮捕、审问活动.
明初的军制比较简单，其基层单位是“卫”和“所”，每卫辖正规军士约5000人，其下设所，分为千户所和百户所，京城的禁卫军所辖卫所为48处。到洪武十五年，朱元璋决定改革禁卫军，建立了十二个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。
锦衣卫官员有指挥使一人，正三品，同知二人，从三品，佥事二人，四品，镇抚二人，五品，十四所千户十四人，五品，下属有将军、力士、校尉，有法庭和监狱，其中，经历司掌文移出入，镇抚司掌本卫刑名，兼理军匠，即“诏狱”。锦衣卫平日为皇帝爪牙，镇压臣下时则罗织大狱，捕人，审讯和处刑。
明朝的特务机构锦衣卫除北京外在各地都驻有分支机构，譬如今天津市河北区的锦衣卫桥大街和以前的锦衣卫桥，就是当初这些特务机构的所在地。明代的特务机关可以分为三大部分：一是分驻各地的，一是驻在京师的，再有就是临时向外派遣的。
这三部分中，以分驻各地的最为繁多，从明成祖朱棣时就开始设立，后来全国各省以及各重要城镇全部都设有。他们的任务实际是替皇帝侦察该地官吏军民人等，暗查军民动态。明成祖朱棣在永乐十五年将首都迁往北京，迁都前，首先派出负责皇帝防务的贴身卫队“锦衣卫”到天津卫，在原来三卫的指挥衙门前设立锦衣卫指挥衙门府，所在地就是现在的锦衣卫桥大街附近，专门负责暗地监察京津军民动态。
朱元璋建立锦衣卫的初衷也只是用来卤簿仪仗，但后来由于他大肆屠戮功臣，感觉传统的司法机构刑部、大理寺、都察院使用起来不太顺手，于是将锦衣卫的保卫功能提升起来，使其成为皇帝的私人警察。负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
锦衣卫另一项著名的职能就是“执掌廷杖”。廷杖是皇帝用来教训不听话的士大夫的一项酷刑，始自明朝。《明史·刑法志》称之为：“明之自创，不衷古制”。一语道破了贯穿明皇朝的特别专制的酷政性质。
纵观有明一朝的锦衣卫，尽管也出过袁彬、牟斌这样比较正直的指挥使，但总的来说，其职能主要还是为明朝的极端专制制度充当帮凶。
有了锦衣卫这样高效率的工具，明朝的皇帝压制起士大夫阶层、下层民众就显得更加得心应手，但为此付出的代价却是社会活力的极大降低，这也是为什么明朝虽有200多年历史，但在政治制度、经济制度上却无所进展甚至还有所倒退的主要原因。