淝水之战这场战役对当时的历史走向，起到了至关重要的影响。晋朝后期之所以会呈现16国的局面，其实和苻坚战败有着直接关系。这16国中大部分的国家都是在淝水之战后成立的，因为苻坚失去了对原有地区的控制，导致割据势力变的更加严重。其实淝水之战苻坚一方占据了兵力上的绝对优势，结果却出人意料的败给了东晋，这场战事所造成的影响，可谓是非常深远。
1、慕容垂自立
淝水之战后，苻坚失去了对地方的控制，东晋趁胜北伐，兵锋直抵黄河，北方本就不是真心归附的各族借势而起，纷纷起兵独立，一时间，北方地区再次陷入分裂之中。
淝水之战中实力未受损伤的慕容垂起了异心，积极联络前燕旧臣，慕容垂假称要前往邺城招募旧部助苻坚镇压各地叛乱，大败之后的苻坚虽然对慕容垂不放心，但还是放其离开，但另派苻飞龙率一支氐族军队监视慕容垂。
然而慕容垂用计杀光了苻飞龙的军队，然后振臂一呼，前燕旧将纷纷率部投到慕容垂麾下，实力大涨的慕容垂并碍于前燕皇帝慕容暐的缘故并没有选择称帝，而是自称燕王，并最终占据前燕故都邺城。
不得不说，慕容氏前几代确实英才辈出，也正是这些迭出的人才让慕容鲜卑从一个边陲小部落发展成割据半壁的强国，虽然被前秦所灭，但慕容氏的人才还是跻身于前秦高层之中，这也就导致苻坚兵败之后，野心勃勃的慕容氏纷涌而起。
慕容垂起兵之后，前燕皇帝慕容暐暗中联络前燕宗室子弟，意图复国，而在这些族人中，以慕容泓兵力最强，在击败苻坚派出镇压的军队之后，其它燕国旧部纷纷投奔其军中，其兵力一度达到十万，慕容泓本想投奔慕容垂，见如此遂自称济北王，然后推举慕容垂为丞相，封吴王。
权位面前无父子，更遑论叔侄，慕容垂不敢称帝是碍于慕容暐还尚在人世，所以自称燕王，对于燕国来说，燕王这个称号颇具正统性，足以证明慕容垂有自立的心思。
2、姚苌称王
而慕容泓的势力大涨之后，亦有了自立的心思，自然不满慕容垂燕王的称号，遂改为吴王，实则己有了与慕容垂相争的打算。
面对慕容氏一族的反叛，苻坚并没有迁怒于长安城中的慕容氏，但慕容暐眼见族人纷纷起兵自立，恐日后推翻前秦后自己将沦为族人的傀儡，于是策划长安城中的政变，他暗中联络长安城中的鲜卑人，企图刺杀苻坚，进而号召前燕旧臣自立，但消息走露，苻坚大怒之下将慕容暐一脉杀尽。
讨伐慕容泓军队由苻睿统率，羌族将领姚苌为参军，苻睿兵败被慕容泓所杀，姚苌闻听苻坚震怒，恐受责罚于是逃回渭河北方的羌人部落，被羌人推举为盟主，遂起兵反秦，自称秦王，史称后秦。
而北方草原本是代国之地，前秦内乱之后，拓跋珪纠集代国旧部整合草原鲜卑部族，称王复国，之后迁都至今内蒙古境内，同年改国号魏，自称魏王。
鲜卑的另一支乞伏氏则在陇西定居，因为部族弱小，只是在陇西繁衍，淝水之战后，前秦陷入内乱，乞伏氏头领乞伏国仁听闻苻坚被杀的消息后，立刻招集部众扩军至十万，自称大单于，占据陇西边陲一隅自立，史称西秦。
3、中原大乱
淝水之战前夕，为了经营西域地区，命吕光率领十万大军的西征军队，准备一统西域诸国，为了能够在吕光覆灭西域各国之后快速建立前秦的统治，苻坚为吕光大军派遣了一众极有名望的名臣将领，这也为之后吕光自立奠定了基础。
因为西域各国独立己久，对于中原王朝的认同感并不强，西域虽然史称三十六国，但实际上最多时达六十余国，但总体来说，这些小国都只是依附于绿洲之上的小部落。
吕光进入西域地区后，一些小国见吕光大军来势汹汹，便选择了臣服，对于他们来说，遇强而服，主弱而叛实在是再为平常不过的事了。
作为西域最大最强的龟兹国，其国已经有了中原封建王朝的雏形，面对吕光大军，自然不肯俯首称臣，但死守了半年之后，龟兹后继无力，被迫重金向中亚地区的游牧部落求援。
龟兹援军号称七十余万，吕光见敌众我寡，但敌方多是乌合之众，只要锉其锐气定可一战而胜，遂采取固守杀伤敌军有生力量，最终将西域联军击溃，龟兹国王逃跑，吕光又用了一年多的时间，逐渐将西域全境扫平。
得胜后的吕光得知中原大乱，因为乱世之中消息阻绝，吕光不知道长安是否安好，面对此起彼伏的中原叛军，吕光自知虽然所掌之兵足以横行西域，但面对中原众势力则显疲弱，于是为了后路着想，吕光趁机收取凉州以作落脚之地。
姚苌叛秦自立后，凉州与中原地区的联系被后秦完全隔断，直至后秦建立两年后吕光才得知苻坚被杀的消息，吕光遂改元自立，而后在击败原前凉国主张天锡旧部后，吕光夺取凉州全境以及河西大部，而后又攻灭西秦乞伏部，吕光自号天王，建国大凉，史称后凉。
至此淝水之战造成分裂的主要割据势力尽列于此，北方再次陷入烽烟之中，但南方的平静也没有持续太久，桓玄篡晋即将开始，历史即将进入南北朝并立时期。