在南方，桂系、滇系、粤系、和亲孙中山势力围绕着两广地区和广州政府的控制权争斗。在广西，清朝广西提督陆荣廷借由支持辛亥革命和“桂人治桂”的政策成为了广西都督，之后更通过参与护国战争巩固了其在广西的统治地位，史称旧桂系。护国战争胜利后，黎元洪大总统任命陆荣廷为广东督军，但原广东督军龙济光不愿退职。陆荣廷遂派桂军进攻，击败龙济光，广东成为旧桂系的势力范围。由于不满黎元洪被架空和段祺瑞控制下的北洋政府，陆荣廷宣布两广自主。
同时，滇系统帅蔡锷于1916年护国战争胜利不久后去世，唐继尧掌权，坐镇云南和贵州，与川系军阀时有摩擦。1921年，滇系将领顾品珍叛变，滇系分裂为顾品珍部和唐继尧部。
1917年7月护法运动开始。在陆荣廷与唐继尧的支持下，孙中山南下广州，组建军政府和粤军，任大元帅，拥军二万。陆荣廷和唐继尧则任元帅。然而，三人渐生嫌隙。1918年4月，滇系和桂系开始排挤孙中山，改大元帅首领制为七总裁合议制，邀西南各省军阀为总裁，致使孙中山被迫于5月下台，后赴上海。之后，桂系想要除掉滇系在广东的影响力，于1918年5月逮捕滇系将领张开儒、枪杀崔文藻。由此，滇系被从广东逐出，陆荣廷的桂系势力达到其权力之顶峰。
1920年，直皖战争在北方爆发，与此同时，桂系发动第一次粤桂战争，派兵攻打亲孙中山的粤军陈炯明和许崇智部，却被击败，退回广西。孙中山遂从上海返回广州，于1921年4月改组军政府为广州国民政府，召开非常国会，就任非常大总统。6月，桂系为夺回对广东的控制权，发动了第二次粤桂战争，却再次败于粤军。二次的战败导致了桂系的分裂，桂系下级军官李宗仁和白崇禧在混乱中崛起，于1925年击败陆荣廷和沈红英，再次统一广西，成为桂系的新首领，是为新桂系。
另一方面，1922年，孙中山在第二次粤桂战争胜利后，要求陈炯明北伐，陈不从，被免职。然而，在北方，直奉战争后，黎元洪再次就任大总统，护法运动目的达成，各方要求孙中山卸下其非常大总统一职。陈炯明部下叶举为迫使孙中山下野，出兵围攻广州总统府，孙逃亡，再赴上海，史称六一六事变。
1923年1月，孙中山联合滇系杨希闵部（顾品珍派）、桂系刘震寰部、及倒戈的粤军，共同讨伐陈炯明。2月陈炯明被击败，退守东江。孙中山也于2月回到广州，再任大元帅。1925年，孙中山去世后，蒋中正两次东征陈炯明。此时，滇系唐继尧部支持陈炯明，欲联合新桂系统帅李宗仁，南下进攻广州国民政府。李宗仁不从，唐继尧遂派军入桂，却被桂军击溃，退回云贵，是为滇桂战争。失去援助的陈炯明最后被蒋中正击败，被迫解散军队，退居香港。
北伐开始之后，桂系和滇系均在名义上统一到了蒋中正的广州国民政府。1926年，桂军改编为国民革命军第七军，李宗仁任军长。1928年，滇系龙云在二六政变中推翻唐继尧，并打败对手胡若愚后，也于名义上归顺蒋中正，任云南省主席。西南军阀割据时期结束。