八旗都统是清朝特有的，清朝皇帝跟八旗之间的关系，十分的特殊。在八旗最初的时候，皇帝本人既是旗主，也是八旗的最高统帅。八旗之间互相平定，各自平等。一度时间内，八旗旗主的权力极高，甚至可以决定皇位的人选。在入关以后，顺治皇帝曾对八旗做出了调整。
他让出了原本由自己管辖下的正蓝旗，同时，把让归皇帝名下的镶黄、正白、正黄划为上三旗，正红、镶红、正蓝、镶蓝、镶白划为下五旗，归八旗旗主管辖。这提高了皇帝的地位。因为当时各旗主之间的地位仍然平等。依旧互相争斗。
但随着江山坐稳，皇帝权力加大，他们与八旗旗主们的亲密关系，也宣告结束。雍正元年，皇帝设立八旗都统衙门。八旗都统的出现，就是皇帝削弱八旗旗主，让自己更好统治八旗的结果。
这个最大的转变，就是八旗都统的人选上。在入关以前，他们是由旗主向皇帝推荐的，但到后来，却是由皇帝直接任命，把八旗的实际事务交给都统负责。而在雍正时期，八旗都统的办公地点，也从家里，转到了专门的衙门。
至于八旗王公，他们只是拿着高俸禄，却没有什么实权。八旗内的军事、政务，统统由八旗都统负责。他们底下有各种衙门，有印房、折房、折饷房、银库等，负责八旗内的某一具体事务。这是八旗最高的领导机构。
虽说同为八旗都统，但内部却有一些不同的差别。简单的话，可以分为三类。第一类是旗务都统，这类都统就是京师八旗的长官，清朝一共有满、蒙、汉三类八旗。所以，这类的旗务都统一共有二十四个。八旗军是一个很特殊的组织。他们在平时都是老百姓，等到战争时，才披甲上阵。
所以，旗务都统虽然更多是负责旗人生活方面的生活，却要参与一些武备训练这类的军事事务。他们以皇帝的命令办事，管理旗人。
第二类是驻防都统，清朝在各省驻扎八旗军，而各省八旗军的长官，或者被称为将军，或者被称为都统。他们除了负责国防安全，镇守险要、训练军队之类的军事事务外，也可以向皇帝报告当地的政务和民事。最后一类是赠衔都统，这是一种临时指派的职务，属于虚衔。
而在具体事务上，在京师的八旗都统有管辖骁骑营的权责。骁骑营是京师八旗防卫的主力，平日里京城守卫、警戒，城内的银库、谷仓、宗人府等，都是由骁骑营负责。如果遇到战事时，他们就要出征。这是京城防卫的主力，人数有5.5万人左右，大致是精锐主力的一半。
这是军事上的事务，如果是政务，都统要管辖的事务就更为琐碎了。旗人的土地、财产、人口，大小案件等，包括对旗人的教化、风俗，都要都统过问负责。不过，如果是担任京官，或外任官的旗人，就不归都统管辖，而是交由吏部处理。
特别值得一提的是，在清朝初年的时候，皇帝曾允许旗人圈占大量的土地，但到后期，一些旗人出于生计，开始大规模的出售土地。但清朝皇帝是不允许的，他们禁止旗人出售土地。所以，都统经常要清查、赎回旗人的土地。这常常耗费国库大笔的开销。
某种意义而言，八旗都统其实更像是那些总督、巡抚这类是封疆大吏，同时掌管地方军政。只不过，八旗都统管理的是旗人。