满清八旗是清朝的一种军事和社会组织制度，它的建立与清朝的崛起密切相关。在努尔哈赤时期，为了统一女真各部并对抗明朝，他创立了八旗制度。起初，只有黄、白、红、蓝四旗，随着势力的扩大，又增设了镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，合称为“满洲八旗”。
每一旗都由一个旗主领导，下面设有多个固山额真(即千户长)，每个固山额真下面又有多个甲喇额真(即百户长)。这种层层递进的组织形式使得八旗制度具有强大的动员能力和组织效率。
至于哪一旗最厉害，这个问题并没有一个确定的答案。因为每一旗都有其独特的历史和成就，而且在不同的历史时期，各旗的实力也会有所变化。例如，在努尔哈赤时期，黄旗因为是努尔哈赤本人所在的旗帜，所以地位较高。而在皇太极时期，皇太极本人所在的正黄旗则成为了最厉害的一旗。
然而，从整体实力来看，正黄旗和正白旗通常被认为是最强的两旗。正黄旗不仅因为曾是努尔哈赤和皇太极的旗帜，而且在多次战争中表现出色。正白旗则因为在清朝入关后的多次战役中发挥了关键作用而被认为实力强大。
总的来说，满清八旗的建立为清朝的统一和扩张提供了强大的军事支持。而各旗的实力则随着历史的变迁而有所不同，无法简单地判断哪一旗最厉害。