明朝除在藏族地区设置卫所外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。当时藏传佛教在西藏派系颇多，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。
明朝治藏政策的核心被概括为“多封众建，因俗以治”。“多封众建”与“因俗以治”互为表里、相互支撑，即“多封众建”为表，则“因俗以治”作为其政情民俗的基础和政策理念为里；若“因俗以治”为表，则“多封众建”作为其政策措施的支撑为里。在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间、宣德年间加封的“三大法王”和阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王等五个王最为重要，其次为大国师、国师及禅师等。
明朝在藏区所封的“王”则与一般意义的“王”有所不同。在藏区所封的“王”既是掌管一方的地方首领，又往往具有佛教僧人的身份；既有掌管一方地区行政的世俗的王的成分，也与宗教的法王相类似的成分。
其中“三大法王”的封号，均由师徒或转世相传承，无须再听朝命。而五王及灌顶国师等，其职号的承袭、替代都必须由承袭者遣使或亲自入朝申请承袭，上缴原颁印信、诰敕，旨准后方颁赐新的印信、诰敕，至此完成袭职手续。重要首领，特别是诸王的承袭一般均由朝廷遣专使往封。
大宝法王
“大宝法王”的是噶玛噶举派的五世噶玛巴活佛得银协巴。他在康巴一带巡游传法，很有名声，于是明成祖在他正式即位的当年“遣司礼监少监侯显赍书、币往乌思藏，征尚师哈立麻。盖上在藩邸时，素闻其道行卓异，至是遣人征之”。噶玛巴得知消息后，于1406年从楚布寺出发。
1407年三月丁已，明成祖朱棣封得银协巴为“万行具足十方最胜圆觉妙智慈善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，命他领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马，并封其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为“灌顶圆修净慧大国师”、高日瓦领禅伯为“灌顶通悟弘济大国师”、果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为“灌顶弘智净戒大国师”，并设盛宴于华盖殿，宴请噶玛巴师徒。噶玛巴得银协巴在南京、五台山等地停留达一年多，于1408年四月辞归，明成祖赐给他白金、彩币、佛像等物，派中官护送。
大乘法王
“大乘法王”是萨迦派都却拉章的贡噶扎西，其为故元帝师贡噶坚赞贝桑布之孙，元封“中兴释教大元国师”大元却吉坚赞之子。萨迦势力在藏中失势之后，迁到达仓宗。贡噶扎西幼年学佛，后到前、后藏朝佛巡礼，讲经说法，成为萨迦款氏家族成员在宗教活动方面的代表人物，声名远扬。明成祖两次遣使召他进京。年届六十的贡噶扎西不听旁人劝阻，决心进京，其于1412年四月由萨迦寺动身，1413年二月抵达南京。
他在多次讲论佛法，明成祖封其为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国演教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛”，赐给管领僧众、护持释迦牟尼教法之诏书及金印。此后，他离京去往北京、五台山等地，然后再回到南京，为明成祖传授灌顶及经咒、护持等。明成祖赐其银质喜金刚像、大威德像、铃、金刚杵等大量法器，再有大藏经、供器、僧帽、袈裟等，以及各种珍宝、金器、银器、绸缎、大小帐幕、茶叶、牛、马、骡等财物。贡噶扎西于1414年正月离开朝廷，十二月回到萨迦寺。
大慈法王
“大慈法王”的是明朝时期新兴的格鲁派的代表人物释迦也失，而释迦也失是代表其师宗喀巴应诏入朝，觐见皇帝。明成祖通过帕竹第悉、内邬宗本等人的介绍和明朝入藏使者的报告而注意到格鲁派的创始人宗喀巴。明成祖二次派人入藏召宗喀巴进京，但召宗喀巴其门下弟子代他入朝进京。释迦也失同入藏使者侯显等启程前往内地。
1415年4月，明成祖“命尚师释迦也失为妙觉圆通慧慈普应显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命。”释迦也失在京期间，用医药和传授灌顶的办法治好了明成祖的重病。
此外，还在五台山建了六座寺院，这些寺院按照藏传佛教格鲁派的修行次第修习佛法。1416年，释迦也失回到拉萨后，用从汉地带回的大量财物建造了拉萨三大寺－色拉寺。1425年5月，释迦也失再次进京（此时明朝已经迁都北京），在北京居住十余年，期间宣德皇帝封其为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。释迦也失于1435年在返藏途中去世，享寿82岁。