理藩院是清朝政府统治蒙古、回部及西藏等少数民族的最高权力机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。
行政职能
管理会盟
清朝蒙古地区存在着许多“盟”和“旗”，他们既是政权组织，又是军事组合和社会组织。每旗设札萨克（旗长）等官员管理，一旗或数旗合为一盟，设盟长和副盟长。这就是盟旗制度，盟旗制度是满洲贵族创建的八旗制度的形式，充实以蒙古族缘由的社会制度具体内容的产物。清政府通过理藩院管辖各盟旗。盟旗制度下的盟指的是会盟制度。
清政府规定，一旗或多旗合为一盟，在指定地点会盟。每盟设盟长一人，办理会盟事务。盟长由本盟内札萨克中选人，上报理藩院，由理藩院任命人选，颁给印信。会盟的主要内容为“理清刑名，编审丁籍”，会盟的礼节十分隆重，届时清政府要派大臣带随行官员前往。
漠南蒙古各盟，盟长各于所属三年一会。雍正六年（1728年），漠南蒙古每盟增设副盟长一人，协同盟长办事。喀尔喀蒙古（漠北蒙古），从雍正三年（1725年）开始，清政府不再派大臣参加，而由西宁办事大臣负责把会盟情况转报理藩院查核，“如各盟长有违例不公事件，一经告发，或别经参奏，由院再行奏请特派大臣前往办理”。清朝以理藩院管理蒙古族各部的盟旗，目的是加强对蒙古族各部的统治，在客观上有利于蒙古族社会的稳定，从而维护中央政府的统治。
稽查户丁
稽查户丁是理藩院为掌管地区人口和满足兵源的一项行政职能。按照《理藩院则例》之规定，蒙古地区十八至六十岁皆应登记入册。每隔三年一次稽查，先由理藩院请旨，发给各旗空白造册，再由各旗首领其将三年内裁添人丁数目详细登记载入，在十月内报理藩院。
在编审比丁时，隐瞒户口之事常有发生，故《理藩院则例》规定，内外札萨克各旗审丁时，数目开载不全，后虽声明，仍照隐丁例办理。隐瞒比丁分别惩罚。如有隐瞒人丁情况发生，不仅要扣管旗之亲王、郡王、贝勒、贝子、公、札萨克台吉、塔布囊三个月俸禄，还要将被隐瞒的人丁记录在案。不慎漏计人丁的，对漏记人及相关者都要处以罚畜的惩罚，并且奖励举报人。
征收税款
理藩院还具有征收税款职能。边疆少数民族地区的税款征收原本是由地方官办理的，但由于地方官征收的标准和数量难以统一，乾隆帝决定把征税职权收归中央，由理藩院派专员前往征税。乾隆十七年（1752年）准奏：“八沟东西二街税银，于乾隆十四年（1749年）奏准交地方官征收。东街所征各项税银，每年赏给喀喇沁札萨克王等，养赡穷乏蒙古。
今该札萨克呈报东西二街税银，该地方官征收多寡不一，请将赏给东街税银，仍照旧例交该旗自行征收。其事难行。惟是各处收税，均设专官经理，今八沟初定收税章程，交地方官永远办理，二街税银，难免参差，蒙古人心，亦不能遵服。应将地方官征收之处停止，于本院司官内简选干员，拟定正陪引见，前往征税，所收税银，于十分内赏给该旗三分，以为养赡蒙古之用。”
卡伦和驿站管理
清代蒙古各部曾设置许多卡伦和台站。在领导体制方面，在中央机构中，主要由理藩院进行管理，具体地说，理藩院旗籍掌考漠南蒙古地区，典属负责漠北、漠西蒙古地区、满档房负责派往管理驿站的官员；同时，亦以兵部协助理藩院负责监督检查。因区域不同，清代蒙古台站可分为漠南蒙古、漠西蒙古和漠北蒙古三部分，他们是在清朝多民族国家发展的不同时期逐渐形成的。
康熙中期，为迅速平定噶尔丹内乱，更具转运物资和传递军报的需要，清政府在漠南蒙古地区开始大规模设置官方固定驿站。康熙三十一年（1692年），康熙帝谕示：为“不致迟延误事”，“设立驿站”。康熙三十一年（1692年）三月，由理藩院尚书班迪等前往漠南蒙古亲自筹划。
军事职能
理藩院大臣早在顺治时期就已经参政议政，康乾时期更是参与军事行动的策划工作。参与多伦会盟、平定准噶尔叛乱等一系列国家军政大事的筹划工作。在雍正年间，理藩院侍郎佛保被授为内阁学士。乾隆时理藩院尚书纳延泰先为军机大臣，继则又兼议政大臣；理藩院尚书索林、侍郎庆桂或任库伦办事大臣，或为伊犁参赞大臣。
理藩院对各盟旗下的军用物资定期进行简约管理，乾隆四十年（1775年）议定：“内札萨克六盟各旗兵丁军装器械，每三年一次，该盟长等会集点检有无残缺，及兵丁驼马数目，造具细册，声明报院核查办理。”对于军器的买卖，也不得私下进行，都要报理藩院并由理藩院开具出口信票后才能进行交易。康熙二年（1663年）题准：“蒙古人买军器带往者，令札萨克王、贝勒、贝子、公等，详开某佐领下某人、买何器械、数目若干，具文差官报院。不差官不详开者，不准给出口信票。”“蒙古王、贝勒、贝子、公等，欲向归化城买马驼者，报院转奏请旨，本院给印文令往，不得擅刑。”