肃贪反腐
肃顺掌权后，以铁腕的方式面对自乾隆末期以来的官场腐败，严厉打击贪污腐败，严惩渎职失职，整肃官场政风。其果断处理“戊午科场案”，将一品大员柏葰处斩，使得清王朝此后几十年间官场风气，特别是自乾隆后期越演越烈的贪腐风气有了很大改观。
咸丰八年（1858年），顺天乡试由时任文渊阁大学士柏葰主持。是年十月初七，距离当年乡试揭榜尚不足一个月，御史孟传金上书，指出本次乡试存在严重舞弊问题，如旗人平龄，除了会唱两口好皮黄，一无所长，居然高中第七名，事出蹊跷，奏请立案审查。咸丰帝感到其中定有猫腻，于是命怡亲王载垣、郑亲王端华等会审此案。随着调查深入，办案人员发现“应讯办查议者竟有五十本之多”，甚至有一试卷“讹字至三百余”也能中榜。咸丰帝闻后震怒，将主考官柏葰诸人革职。
与此同时，肃顺查清同考官浦安与新考中主事罗鸿绎私下里“交通关节”。经传讯当事人罗鸿绎，其供述“为了能考中，他曾向兵部侍郎李鹤龄疏通关系，李转而求同考官浦安关照，浦又跟柏葰的门丁靳祥打了招呼。事成后，浦安向柏葰送贽敬银十六两，李鹤龄则向罗鸿绎索要银五百两，其中三百两转交浦安。”
该案由于发生在戊午年，因而被称为“戊午科场案”。其与顺治十四年的丁酉科场案和康熙五十年的辛卯科场案并列清朝三大科场舞弊案。该案最终在肃顺的力主之下，将时任文渊阁大学士柏葰、兵部侍郎李鹤龄、主事罗鸿绎等人处斩。历时十个月的“戊午科场案”，共计惩处各级官员91人，朝廷吏治为之一振。在此后不久，肃顺在户部尚书任上，前后历时两年，彻查“户部宝钞案”。
咸丰即位初年，因太平天国起义，户部库房匮乏，于是清廷决定由户部设立宝钞处和官钱总局发行大量钞票。滥发官钞非但没有纾解财政，反倒致使通货膨胀、物价飞腾，而官商乘机勾结，“侵占挪用”，“拒收买抵”，从中牟取暴利，将币制改革失败的恶果转嫁于百姓头上，当时“五城内外兵民不下数百万户，各粮行抬价居奇，小民每日所得钱文，竟不能供一日之饱”。咸丰八年（1858年）底，肃顺改任户部尚书，决心整顿财政积弊。
肃顺从调查五宇官号账目入手，刨根究底，涉案人员几百人，抄没户部司员、商户及满族宗室数十家，一定程度上压制了官场贪贿公行的风气。
重用汉臣
肃顺虽骄横专权、目中无人，但对待有才华的汉臣却能做到格外礼待。肃顺“轻满员”而“雅重汉人名流”。他“待汉员颇极谦恭”，自称“汉人是得罪不得的，他那支笔厉害得很”。他对汉人名士的器重不仅形诸言表，而且付诸于行动，常常不拘一格地选拔保荐人才，如肃顺不惜违反科场条规选拔使用高心夔。当肃顺访知江西道员李桓为干吏，有能名，即令人示意李向他递“门生柬缄”，“即可晋秩两司”。
肃顺向朝廷推荐曾国藩、左宗棠、胡林翼、郭嵩焘等汉族官员，为平定太平天国、同光中兴网罗了人才。特别是左宗棠，左宗棠出佐湘幕，初露峥嵘，不想却得罪了永州总兵樊燮和湖广总督官文，后者联合弹劾左宗棠为“劣幕”，咸丰皇帝令官文“一经查实，就地正法”。
肃顺早听说左宗棠有大才，闻之此事，便联合曾国藩、胡林翼等官员上书力保左宗棠，并邀请深受皇帝信任的吴地才子潘祖荫写下了“天下不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”之语。此后又在咸丰帝面前力荐左宗棠，给予重用。此后左宗棠也官运亨通，历任兵部主事兼四品军务帮办，太常寺少卿兼提督江西学政，浙江巡抚，闽浙总督、陕甘总督等职。不仅为击败太平天国保下了一名干将，还为帝国抗击沙俄而将新疆列为帝国行省，抗击法国三战三捷提拔一名不可多得的统帅。