《宋元学案》是明清之际黄宗羲创作的思想史。最早为黄宗羲整理。光绪五年（1879年）龙汝霖再次主导，翻刻于长沙，成通行的100卷《宋元学案》。
《宋元学案》一百卷，共有86个学案（其中9个分上下二卷）；还有《元祐党案》、《庆元党案》，这两个党案集中反映理学受当权者镇压的情况；最后有《荆公新学略》、《苏氏蜀学略》、《屏山鸣道集说略》，这“三略”是作为理学的对立面看待，带有附录的性质。每个学案，都以一人或数人为案主（凡称“××诸儒学案”的，案主人数都较多）。
除个别例外，每个学案都首先介绍案主的生平与学说，然后介绍其同辈学者；再次，介绍案主及其同辈学者的晚辈学者；又次，介绍晚辈学者的晚辈学者，即所谓“再传”，有的学案还有所谓“三传”、“四传”等。对于相隔时间较远，传承辈次不详的学者，则称为“续传”。《宋元学案》中每个学案的前面都有一个“学案表”，是用表格的形式集中而简明地标示上述横向、纵向关系的，这也是它与《明儒学案》的不同点之一。
各个学案的先后排列次序，也都体现了上述横向与纵向关系。例如，从开首的《安定学案》到《濂溪学案》共9个学案，其案主分别为胡瑷、孙复、范仲淹、欧阳修、陈襄、士建中、司马光、邵雍、周敦颐等人，彼此属同辈关系即横向关系。从《明道学案》到《荥阳学案》共8个学案，其案主彼此也是同辈，但他们又分别是上述诸案主的晚辈，与他们是纵向关系。从《上蔡学案》到《陈邹诸儒学案》共12个学案，其案主彼此也是同辈，但他们又分别是上述案主的所谓“再传”。其余均可依此类推。因此，《宋元学案》客观上是大体按照时间的顺序，介绍了宋元时代理学酝酿、产生、传授与发展的历史。
成书过程
道光十八年（1838年）王梓材、冯云濠受督学何凌汉委托，整认讹钟，始成《宋元学案补遗》100卷，共补遗约有七、八百条。
王梓材《宋元学案补遗》序云：“余与五桥广辑《宋元学案》之遗，凡得四十有二卷……五桥笃信好学，家有醉经阁，经史子集四部各归其伍，宋元儒文集不下百数十家，藉是以详校《学案》，无待旁借，即《补遗》之辑，亦是阁有以成也。”稿成之后存于屠用锡家中。
《宋元学案》[1]共分87个学案和2个学略（《荆公新学略》、《苏氏蜀学略》），以及2个党案（《元祐党案》﹑《庆元党案》），全书以安定、泰山两学案开篇，至卷九五以萧同诸学案为殿，共记宋元学者超过2000人，其中以司马光为首的《涑水学案》、邵雍的《百源学案》、周敦颐的《濂溪学案》、程颢的《明道学案》、程颐的《伊川学案》、张载的《横渠学案》、朱熹的《晦翁学案》、叶适的《水心学案》等都用2卷的篇幅详述。
道光十八年（1838年）刊于浙江，却毁于鸦片战争。
光绪五年（1879年）龙汝霖再次主导，翻刻于长沙，成通行的100卷《宋元学案》，从草创到成书、刊印、通行，前后历经200余年。
胡适撰写“《宋元学案补遗》四十二卷本跋”。此书为初步了解宋、元二代理学家、哲学家的生平，思想大要，全书首冠《考略》，历叙成书始末，次《序录》，次学案正文。并节录了宋、元二代诸儒思想的文章。
作品鉴赏
不足之处
《宋元学案》虽然是根据黄宗羲确定的思路和框架编写而成的，但黄宗羲本人完成的书稿并不多，他对宋元学术的认识以及对当时学者的评价，远没有充分地反映出来。而后续者的思想和识见，又显然没有黄宗羲深刻，因此，在本书中，类似《明儒学案》那种深入和有点睛之笔的精彩评论较少，其主要价值体现在对资料的搜集、甄别、整理和保存方面。
作品影响
思想史参考书
本书是了解和研究宋元时代学术思想史的必读参考书，书中全面而详细地记述了当时的学派源流，介绍了各派的学说思想并略加论断，收录范围广，着作选录多，史料考证精，在一定程度上打破宗派门户之见，注意到各家宗旨。