自西晋灭亡以后，五胡乱华、衣冠南渡，中原在短暂统一后再次陷于分裂。其中，晋朝皇室与许多北方士族纷纷南迁，并定都于建康，建立东晋；北方地区则随之进入五胡十六国时期。在经过了刘渊、石勒等人的称霸时期以后，中原步入了关中前秦政权与河东前燕政权东西对垒的格局之中，并最终以前秦氐人政权完成了对中国北方的统一。
不仅如此，鉴于永嘉之乱以后长期存在的胡汉矛盾，北方著名士族如清河崔氏、范阳卢氏等等，没有一个跟前秦政权合作，整个苻坚朝廷并不见北方士族的身影。即便苻坚本人提倡儒学、承认士族特权、兴立学校，大胆启用了王猛、吕婆楼、梁平老等汉臣，也无助于事。要知道，著名如王猛也只是汉人之中的寒门，北方士族从心底依然尊晋室为天下正朔的。所以，前秦政权在北方的统治既得不到汉人大士族的支持，也未能彻底消除鲜卑、西羌等氐人的世仇势力，其基本盘仅限于氐人、汉人寒门和其他被苻坚的君主魅力所折服的人。这其中，氐人本族的力量可谓是前秦政权的“国之根本”，是苻坚于乱世之中赖以立足的根本，却被他外派分散至各地，失去了应有的作用，从而埋下了中枢衰微的隐患。
不仅士卒作战勇武，东晋将领的指挥能力也十分出色。由于前期襄阳等地的失守，东晋方面失去了长江防线西路、中路的战略优势，东路就成为谢玄等东晋将领们最后的希望。正所谓守江必守淮，只要守住了淮河，就能确保长江下游南北两岸皆在晋军之手，也就能够把前秦百万大军顿于国门之外。所以，即便前秦军队占据了益州、襄阳等长江中上游流域，其水军也无法再现“王濬楼船下益州，金陵王气黯然收”的场景了。甚至于，就连淝水之战的地点，都是晋军精心挑选的结果，毕竟这里是最利于淮河南岸晋军防守的地方了。
前秦淝水战败以后，国家军政体系陷于崩溃之中，长安仅有太子率领少数老弱病残镇守，这导致鲜卑、西羌纷纷起兵叛乱。两年之后，苻坚被羌人姚苌勒死；九年之后，前秦灭亡。与此同时，东晋方面未能挟淝水之战的余威北上收复失地。毕竟战争结束之后，谢安一手构造的荆扬联合逐渐离心，荆州桓氏与晋廷再度对抗，而晋廷内部亦为北府军的领导权而争斗不休。后来，北方逐渐被鲜卑拓跋氏建立的北魏政权重新统一起来，南方的东晋也最终被北府兵统领刘裕取而代之，南北朝时期随之来临。