乾隆五十一年（1786年）四月十二日，乾隆帝弘历下了一道长达1200字的谕旨，公开褒奖浙江学政窦光鼐据实陈奏浙江省仓库亏缺太多，并训诫前往彻底盘查仓库的三位钦差大臣不要再”回护瞻徇”，”将就了事”，责令他们认真清查，”据实严参办理”。
由这道谕旨可以看出，乾隆是十分支持窦光鼐的如实反映问题的。可他万万没有想到这一道谕旨给窦光鼐带来了多么大的危险，也没有料到专办查库的三位钦差大臣竟会违抗圣旨，勾结起来一同陷害直言不讳的学政。更加出乎他意料的是，这个窦光鼐竟是一位不怕权臣、”不要性命、不欲做官”、坚决把追查贪案进行到底的铁汉子。
谕旨中讲到的浙江省亏空案，是乾隆于四十七年查办闽浙总督陈辉祖侵吞入官金子时，估计到浙省钱粮可能有积压亏缺之弊而下谕清查的。当年查出各府州县仓库钱粮亏空130余万两。经乾隆帝多次催促，到五十一年二月，巡抚福崧奏称，已经将亏空补上了96万余两，还亏33万余两，请求延期上交。乾隆十分生气，撤换巡抚、布政使，派曹文埴等三位钦差大臣前往浙江，彻底盘查各府州县仓库。
四月初，曹文埴等钦差大臣奏称，经过盘查，浙省仓库尚亏缺30余万两，乾隆批驳了他们的结论，令其认真盘查。而窦光鼐认为，仅嘉兴、海盐、平阳三县亏缺皆逾10万两，全省的亏缺肯定会更多。这样一来，窦光鼐既得罪了浙江省大多数官员，又惹怒了钦差大臣，怎能不招来横祸？
五月初，曹文埴奏，浙省仓库共亏缺银27万余两，实即坚持过去自己的立场，并无徇情袒护之弊，而窦光鼐则奏，仅仙居等7县，每县亏缺之数便”多至累万”，全省更多。双方意见相反，拉开了查亏空与反查亏空斗争的正式帷幕。
乾隆看过奏折后下谕，派大学士、一等北京贡院公阿桂为钦差大臣，会同曹文埴等彻底查办。窦光鼐身为学政，现科试未完，又是乡试之年，著窦不必参加仓库盘查，自行去办学政考试未考之府的生员。
阿桂到达浙江后，经过一段时间的调查，上了一道偏袒曹文埴、指责窦光鼐的奏折。乾隆听信了阿桂的奏述，于六月十三日下谕，对浙省亏空一案作了结论说，浙省只是过去亏空27万余两，并无新的亏空，实际是采纳了曹文埴等人的结论。
过了十几天，阿桂、曹文埴等人专门批驳窦光鼐的奏折送到京师。奏折上说窦光鼐所参奏永嘉、平阳等县挪用库银勒索民财等款，都已经仔细访察过了，并无其事。
窦光鼐劾奏平阳知县黄梅”丁忧演戏”一事，也不属实，据查本年的正月，是黄梅老母九十大寿，在生日宴会上演戏，黄母一时痰塞，于演戏当晚猝然死去。于是，乾隆皇帝听信了阿桂等人的话，下谕严厉斥责窦光鼐诬告黄梅”丁忧演戏”是”污人名节”、”实属荒唐”还告诉他，以后要查清楚了事实后再陈奏。
这道谕旨已经给案子和窦光鼐定了性，就是对窦严厉斥责，就是要窦按照谕旨的定调承认自己犯了严重错误，认错认罪，请求皇上宽恕，今后再也不敢做这样诬陷贤员、污人名节的荒唐事了。在当时的条件下，绝大多数官员为了不再惹怒皇上，一般都是这样做的，哪怕自己再有理，皇上的定调和斥责再不对，都只能哑吧吃黄连，自认倒霉，做这种违心的罪己之事。
可是，窦光鼐不是这样为保官职而一味顺从的软弱之辈，他立即上疏，据理力争，并指责钦差大臣办事不公。
此疏讲了6个问题：一是参劾仙居县知县徐延翰借故监禁生员马寘，因而将其弄死；二是平阳知县黄梅”母丧演戏”，系全县生童所言；三是平阳县的亏空，是因为黄梅亏空太多，挟制上司，久据美缺，纵令其子派索，滥用民财，抗不补填亏空，此乃合省共知；四是指责阿桂等钦差大臣议处亏空官员时，未将黄梅从重处理；五是钦差大臣派人前往平阳重审时，被地方官吏蒙蔽；六是自己现在”亲赴平阳，查核确实，再行回奏”。
尽管圣旨是要窦去复行学政考试生员的职责，不再参与盘查仓库。
这简直是公然违抗圣旨，要与皇上打官司，一定要皇上认输服理了。乾隆览奏后，大发雷霆，于闰七月初一日下谕，严厉斥责窦光鼐狂妄固执，袒护劣衿，诬告黄梅丁忧演戏，是”污人名节，禽兽不如”，将其交部议处。堂堂天朝大皇帝，竟然在谕旨中骂出”禽兽不如”的粗鲁之话，可见其气愤到了何等程度，窦光鼐离鬼门关的距离只有几丈远了。
虽然窦光鼐被皇上贬称为”迂拙”、”拘钝无能”，即言其迟钝呆笨，但再呆再笨，他对自己处境的危险也不会不了解。身为首辅、国家大学士的阿桂，口衔圣命，全权主持浙省仓库亏空问题的查办，在曹文埴等钦差、巡抚的怂恿下，仍然坚持没有新的亏空，指责窦光鼐诬陷黄梅等州县官员，皇上听信其言，将窦百般贬驳，不许再涉此案。
如果再要坚持追查贪官，必然会惹怒了皇上，闹得革职抄家，身败名裂；而妥协屈服，窦光鼐又咽不下这口气。就在这危险万分几乎已经毫无生机的恶劣形势下，窦光鼐反复思考，抓住了能够扭转危局、突破重围、彻底打败敌人、说服皇上的惟一的关键法宝，即星夜飞赴远离省城一千余里的平阳县，发动全县童生、监生和平民百姓，狠追平阳知县黄梅的贪婪赃证，并宣称，为了追查贪官，可以”不欲做官，不要性命”。
乾隆知道后大怒，连下两道上谕，严厉斥责窦光鼐举动颠狂，决定革职严惩，将其交刑部治罪。窦光鼐便这样由从二品的吏部侍郎、学政的高官，一下子沦落为戴上脚镣手铐装上囚车押赴京师问罪的囚犯。
而令他可以安慰的是，在这次陷入重围孤军奋战之中，他显示了惊人的超群才干。这在三个方面表现得异常突出。一是放弃了全面开花普查全省80余府州县的做法，集中狠抓平阳知县黄梅的罪证。
如果每个州县都查，没有钦差、巡抚的支持，查上5年，也查不出什么名堂，而单查平阳，就能查清问题，以此作为驳倒阿桂等人所说浙江无弊的结论。二是赶在被革职之前，急赴平阳县，苦口劝谕生员、童生、平民，计逼书役，搜集到2000多张田单、印票、借票、收帖等确凿无疑的物证。三是当伊龄阿等官员欢呼将窦革职拿问的谕旨下达的时候，窦光鼐早就把奏折以一日五百里加急的速度发出，附有各种物证，这会使皇上明瞭真情，改变方针，重审此案。事态果然按照窦的设计，发生了重大变化。
在乾隆帝降旨拿解窦光鼐至京治罪的第三天，五十一年闰七月二十七日，窦光鼐的奏折送到了。乾隆反复思考后于当天连下两道谕旨。第一道谕旨说据窦光鼐奏：亲赴平阳，查出黄梅以弥补亏空为名，计亩派捐，每田一亩，捐大钱50文。又，每户给官印田单一张，与征收钱粮无异。又，采买仓谷，并不给价，勒捐钱文。莅任八年，侵吞部定谷价银与勒捐之钱，”计赃不下二十余万”。
各生监缴出田单、印票、借票、收帖2000余张，”各检一纸呈览”。看来，黄梅之贪婪，确有实据，命阿桂等臣重新审查黄梅案件。第二道谕旨讲了6个问题：黄梅罪证确凿；钦差大臣是无意失误，可以原谅；必须彻底查清黄梅贪案；以黄梅八年任期之过为清查重点；窦光鼐难能可贵；开导首相，谕其秉公重审。
这两道谕旨，把重新审查平阳知县黄梅贪案的原因、方针及结论讲得十分清楚。钦差大臣阿桂等只得改变原意，遵旨重查，很快得出了结论，上奏朝廷。不久，上谕陆续下达，惩治了黄梅，阿桂、曹文埴、伊龄阿等交部议处，窦光鼐调回京师，署理光禄寺卿，不久迁任左都御史。
在审断此案中，乾隆起初偏信钦差阿桂等人之言，错误地斥责窦光鼐，将其革职解京拿问，但在看到票据等物证后，能立即了解真相，断定黄梅有罪，赞同窦光鼐的主张，改过重审，这样180度的大转变，作为君主来说，是太难得的了，确系罕见。