阮元与当时的与桐城派“古文”异趣迥然，其论文重文笔之辨，以用韵对偶者为文、无韵散行者为笔，提倡骈偶。阮元虽以经学知名，所作辞章，亦不乏可读之篇。所著《揅经室集》共六集五十八卷，前四集为阮元生前手定者，隐然以经、史、子、集为次。说经之文，多在一集，自四集以下，始以诗文合编。
阮元不仅是自徽派朴学阵营中走出来的清代思想学术史上的一位里程碑式的人物，而且他对徽派朴学最大的贡献，一是汇集编印大量书籍文献，一是培养造就大批有用人才。纵观阮元在横跨三朝的半个多世纪里，造就了数以百计的人才，其中不少后来成为徽派朴学的精英，使得徽派朴学得以广泛传播并发扬光大。这些人才的来源，除了慕名前来投师或在社会交往中发现的以外，科场选拔和书院培养应是两个主要的途径。不仅有在科场选拔如王引之、郝懿行、丁晏等人，阮元为官浙江巡抚时在杭州创建了诂经精舍，延请当时的著名学者如王昶、孙星衍等来主讲，又邀金鹗、洪颐煊、震煊兄弟讲肄其中，教学内容为经史疑义及小学、天文、地理、算法等。
在诂经精舍肄业的，多为学行出众的高材生，德清徐养原、嘉兴李遇孙，虽都学有专长，也还来此修习。当时阮元编辑《经籍籑诂》尚未完成，同时又在校刊《十三经注疏》，这些亦徒亦友的绩学之士，转而又成为阮元编书的得力助手。如徐养原曾帮助他校勘《十三经注疏》中的《尚书》和《仪礼》，洪震煊既担任《经籍籑诂》中的《方言》部分，又担任《十三经注疏》中的《小戴礼记》校勘。教学相长，实践锻炼，造就了一大批有用的人才，其中不少人后来都成为“徽派朴学”的知名学者。
阮元任两广总督时，在广州创建学海堂书院，并亲自讲学。有学长八人，分别担任教学任务，学习《十三经》、《史记》、《汉书》、《文选》、《杜甫诗》、《韩昌黎集》等，任学生选择一门，作日记，由学长评阅指点。其综合汉、宋的思想一定程度上对部分广东学者产生了影响。广东番禺人侯康，就因所为文，得到赏识，由是知名。番禺人林伯桐和陈澧，都担任过学海堂学长，陈澧任职时间尤长。广东嘉应人李黼平也曾补聘来学海堂批阅课艺，阮元还延请他为之教子读书。著名的《皇清经解》也是在这时编刻的，所以又称作《学海堂经解》。徽派朴学之所以能远被西南，除了程恩泽、郑珍传播的影响以外，学海堂书院培养造就的大批人才，影响更加深远。诸如上述所提林伯桐、陈澧、李黼平、侯康等学有所成者，不胜枚举。
阮元自弱冠一举成名，在长达六十多年的治学生涯中（其中还有大部分时间治理政务），著作极为丰富，说他是“著作等身”，当之无愧。在阮元60岁时，龚自珍撰文对其在大半生所取得的学术成就进行了比较全面的总结，盛赞阮元的训诂之学、校勘之学、目录之学、典章制度之学、史学、金石之学、术数之学、文章之学、性道之学、掌故之学等，称其“凡若此者，固已汇汉宋之全，拓天人之韬，泯华实之辨，总才学之归。”（《阮尚书年谱第一序》）阮元在诸多领域都取得了瞩目成就，尤其在文献学和史学方面，并且一生致力于文献的整理、汇辑、编撰、刊刻，成绩斐然。
其生平所著之书，根据一些常见书目统计，约在三十种以上，其中人们比较熟知的有如下十多种：《三家诗补遗》、《考工记车制图解》、《诗书古训》、《仪礼石经校勘记》、《儒林传稿》、《畴人传》、《积古斋钟鼎彝器疑识》、《定香亭笔谈》、《小沧浪笔谈》、《选项印宛委别藏提要》、《揅经室集》、《十三经注疏校勘记》。所编之书有《经籍籑诂》、《皇清经解》、《两浙金石志》、《诂经精舍文集》、《淮海英灵集》、《八甎吟馆刻烛集》等。此外，阮元还主编过一些大型的志书，如《嘉庆嘉兴府志》八十卷、《广东通志》三百三十四卷。在阮元刻印之书中，最为人们熟知的，除上述《皇清经解》、《经籍籑诂》以外，当推《十三经注疏》。这是一部大型的经学丛书，收书一百八十余种、一千四百余卷。刻印时，罗致了一些绩学之士担任校勘，由阮元总其成。这些校勘成果，就是著名的《十三经注疏校勘记》。
阮元所刻印之书还有一个重点，是其搜集刻印了一些知名学者的遗著。据粗略统计，他所刻名家选集就有钱大昕、钱塘、汪中、刘台拱、孔广森、张惠言、焦循、凌廷堪等大家。可见阮元究心表彰绝学，不遗余力。
也有学者认为，阮元是清代后期形成的扬州学派的主要代表人物之一，并将扬州学派定义为清代汉学的又一分支，是汉学发展至高峰并开始走向衰落时期的一个学派，它的形成稍晚于皖派。可以说，无论现今依照怎样的标准来界定当时的学派，都不能否定阮元学术思想中闪烁的徽派朴学的理念标志，都无法抹杀阮元留在徽派朴学百年辉煌史上深深的烙印。更高意义上讲，阮元学术思想体系的意义不仅成为清代汉学由高峰走向衰落的标志，同时也成为传统学术向近代学术跨越的转折点。