魏忠贤自宫后改姓名叫李进忠，由才人王氏复姓，出任秉笔太监后，改回原姓，皇帝赐名为魏忠贤。明熹宗时期，出任司礼秉笔太监，极受宠信，被称为“九千九百岁”，排除异己，专断国政，以致人们“只知有忠贤，而不知有皇上”。朱由检继位后，打击惩治阉党，治魏忠贤十大罪，命逮捕法办，自缢而亡，其余党亦被肃清。
天启四年(1624年)，给事中傅木魁交结魏忠贤的外甥傅应星为兄弟，上书诬告中书汪文言，并且连及左光斗、魏大中。汪文言被投进镇抚司监狱，并将被大行罗织罪名。执掌镇抚司的刘乔接受叶向高的教导，不给汪文言定罪。魏忠贤大怒，将刘乔撤职除名，用私人许显纯来代替他。这时御史李应升就内操的事进谏，给事中霍守典因魏忠贤乞求祠堂匾额而进谏，御史刘廷佐以魏忠贤滥加荫封进谏，给事中沈惟炳以设枷锁进谏，魏忠贤都假传圣旨给予斥责。于是副都御史杨涟非常愤怒，弹劾魏忠贤二十四大罪。
奏疏上呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解。韩火广不答应，他便跑到朱由校面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，王体乾等人也一起护着他。朱由校懵然不辨真相，便温语安慰他，而在第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。杨涟既被斥责，魏大中以及给事中陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷上奏魏忠贤的不法之事。叶向高和礼部尚书翁正春请将魏忠贤遣回私宅，以平息公众的指责。朱由校不许。
那时，魏忠贤很气愤，想将异己者全部杀掉。顾秉谦便偷偷地把魏忠贤所忌恨的人记录下来，交给他，让他逐个将他们贬斥。王体乾又倡议用廷杖，威胁廷臣。不久，工部郎中万燝上书指责魏忠贤，立即被杖死。魏忠贤又借御史林汝翥的事侮辱叶向高，叶向高因此辞职而去，而林汝翥也被杖打，廷臣都很恐惧。
一时间被罢斥的有吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷以及杨涟、左光斗、魏大中等前后数十人。其后又驱逐韩火广和兵部侍郎李邦华。正直之士离开朝廷，就如摇动枯树纷纷落下的叶子一样。魏忠贤于是假传圣旨用旧例转科道官员。以朱童蒙、郭允厚为太仆少卿，吕鹏云、孙杰为大理寺丞，恢复霍维华、郭兴治为给事中，徐景濂、贾继春、杨维垣为御史，而起用徐兆魁、王绍徽、乔应甲、徐绍吉、阮大铖、陈尔翌、张养素、李应荐、李嵩、杨春懋等人作为他的爪牙。
不久，又起用拟被遣戍的崔呈秀为御史。崔呈秀于是编造《天鉴录》、《同志录》等，王绍徽也编造《点将录》，都以邹元标、顾宪成、叶向高、刘一燝等为魁首，并将不依附于魏忠贤的人全部网罗进去，将他们指为东林党人，献给魏忠贤，魏忠贤很高兴，于是这帮小人更加向魏忠贤献媚，联手攻击东林党。
当初，朝臣争论三案以及辛亥、癸亥这两年的京察和熊廷弼一案，魏忠贤本没有参预。其党徒想凭借魏忠贤的权力排挤那些正直之士，便相继归附魏忠贤，自称义子，并且说：“东林党将要害您老人家。”因此，魏忠贤也想自图快意。御史张讷、倪文焕，给事中李鲁生，工部主事曹钦程等，竞相打击报复好人，而御史梁梦环又重兴汪文言一案，将他下到镇抚司拷打至死。许显纯编录囚犯供辞的文书，词语连及赵南星、杨涟等二十余人，使他们或被撤职或被遣戍。又逮捕杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等六人，将他们牵连进熊廷弼案中，投进监狱，拷打至死。又杀熊廷弼，将他的亲家御史吴裕中杖打至死，又将尚书李宗延、张问达，侍郎公鼐等五十余人撤职逐出，朝中机构为之一空。而特召亓诗教、刘述祖等人为御史。凡是与魏忠贤有私人关系都得越级升迁，于是魏忠贤的党羽遍布朝野。
那时候，东厂的缉捕人员四处横行，凡他们缉访过的地方，不管情况是虚是实，都被整得稀烂。外戚李承恩，是宁安大长公主的儿子，家中藏有公主赐给的器物，魏忠贤诬告他盗窃乘舆服饰等禁物，将他判了死罪。中书吴怀贤读杨涟的奏疏时，击掌赞叹，家奴将他告发，结果怀贤被杀死，家也被抄了。武弁蒋应阳为熊廷弼讼冤，立即被诛死。民间偶有言语触犯了魏忠贤，便被捉拿杀戮，甚至被剥皮、割舌，被杀者不可胜数，人们路上相遇，只能以目传意，不敢言语。这年，记门功，魏忠贤得加恩三等，庇荫都督同知。又荫封他的族叔魏志德为都督佥事。升傅应星为左都督，并表彰他的母亲，而以魏良卿为佥书锦衣卫，掌南镇抚司事务。
天启六年(1626年)二月，皇帝仪仗队组成，魏忠贤得以庇荫都督佥事，他又派党羽李永贞假冒浙江太监李实上奏，逮捕惩治前应天巡抚周起元以及已辞官归乡的江浙籍人高攀龙、周宗建、缪昌期、周顺昌、黄遵素、李应升等。高攀龙投水而死，周顺昌等人死于狱中。苏州百姓见周顺昌被捕，很不平，便打死了两名校尉，巡抚毛一鹭便逮捕颜佩韦等五人，将他们诛死。刑部尚书徐兆魁治理狱案，凡是魏忠贤所恨的人，便判以重刑。魏忠贤又听从霍维华的意见，命顾秉谦等人编修《三朝要典》，竭力毁谤东林党人。御史徐复阳请拆毁讲学书院，以绝党根。御史卢承钦又请立东林党碑。海内人士都屏息丧气。霍维华于是教魏忠贤在边防冒进邀功。
辽阳男子武长春逛妓家，说了些妄言，被东厂擒拿。许显纯将他拷打治罪，故意夸大其辞说：“长春是敌人间谍，如不擒获将有变乱，赖东厂臣属忠诚机智，立下奇功。”朱由校诏封魏忠贤的侄儿良卿为肃宁伯，赐给宅第、庄田，颁给铁券。吏部尚书王绍徽请尊崇他的先世，朱由校诏令赠魏忠贤以上四世为肃宁伯。魏忠贤又假传圣旨派他的党羽太监刘应坤、陶文、纪用镇守山海关，收揽兵权。再给他记功，庇荫都督同知和世袭锦衣卫指挥使各一人。浙江巡抚潘汝桢奏请为魏忠贤建祠堂。仓场总督薛贞说草场失火，赖魏忠贤救助，得以无害。于是为他歌功颂德的人相继不断，各地祠堂都从此开始兴建。
打击异己
编修吴孔嘉与同宗人吴养春有仇，便诱使吴养春的奴仆告发主人隐占黄山，吴养春父子结果都死于狱中。魏忠贤派主事吕下问、评事许志吉先后往徽州抄他的家，株连相属，非常残酷。知府石万程心中不忍，削发挂职而去，徽州几乎酿成祸乱。其党羽都督张体乾诬告扬州知府刘铎代李承恩图谋陈解狱案，勾结方术士方景阳诅咒魏忠贤，结果刘铎竟被斩首。又以睚眦之怨，诬告新城侯的儿子锦衣卫官员王国兴，将他判以死罪，并罢免主事徐石麒。御史门克新诬告吴县人顾同寅、孙文豸写诔文祭奠熊廷弼，两人被判犯了妖言罪斩首。又逮捕侍郎王之肕，将他毙死狱中。凡是魏忠贤素来所恨的，像韩火广、张问达、何士晋、程注等人，虽已离职，也要将他们从官籍中除名，重的则被充军，死了的还要追赃，将他破家。有些魏忠贤偶然忘了的，他的党羽一定追论前事，激起魏忠贤的怒火。
当时，内外大权全归于魏忠贤，阉官除王体乾等人外，还有李朝庆、王朝辅、孙进、王国泰、梁栋等三十余人，做左右拥护。外廷文臣有崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕主谋议，称为“五虎”;武臣则有田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元主杀戮，称为“五彪”。还有吏部尚书周应秋、太仆寺少卿曹钦程等人，称为“十狗”。又有“十孩儿”、“四十孙”等名号。而做崔呈秀这帮人门下的，又不可胜数。从内阁、六部到四方总督、巡抚，都遍布他的死党。他内心忌恨张皇后，这年秋，便诬告张皇后的父亲张国纪纵奴犯法，然后假传中宫旨意，企图撼动张皇后，朱由校为他按奴法治罪，并责备张国纪。魏忠贤不满意，又派顺天府丞刘志选、御史梁梦环轮番揭发张国纪的罪状，并说皇后不是张国纪的女儿。正好王体乾危言劝阻，魏忠贤这才罢了。
天启六年(1626年)冬，三殿建成。李永贞、周应秋上奏魏忠贤的功绩，朱由校遂进封魏忠贤为上公，加恩三等。魏良卿那时已晋封肃宁侯，这时又晋封肃宁公，食禄按魏国公例发给，再加恩庇荫锦衣卫指挥使一人、同知一人。工部尚书薛凤翔上奏给魏忠贤赐府第。不久太监陶文上奏喜峰隘口筑成，督师王之臣上奏筑山海关城，刑部尚书薛贞上奏大盗王之锦狱案，南京修建孝陵竣工，甘镇奏捷，蕃育署丞张永祚擒获盗贼，他们都说是出于魏忠贤的筹划和计策。魏忠贤又自己上奏三年缉捕的功劳，朱由校下诏褒奖。半年之中，魏忠贤所庇荫的有锦衣卫指挥使四人、同知三人、佥事一人。又授给他的侄儿希孟世袭锦衣卫同知，外甥傅之琮、冯继先为都督佥事，而升崔呈秀的弟弟崔凝秀为蓟镇副总兵。名器被僭越滥用，至此达到了极点。他的同党全部坐镇蓟、辽，以及山西宣府、大同各险要之地。总兵梁柱朝、杨国栋等人每年都向他奉献名马以及珍玩之物，从不间断。
既非阉党又非东林的袁可立本来并不想卷入党争，三殿大工正兴，兵部左侍郎有阅视之责，“逆珰魏忠贤与崔司马柄肆虐，有事大会无不呈面媚颜，公独屏居人后，不假辞色。”“经略遣人为(老酋)吊祭，公(袁可立)恨其(袁崇焕)辱国非计，飏言于朝。某公急掩其口曰：‘勿忘言，封拜在此举矣。’公叹曰：‘以此封拜，不虑贻笑后世乎?’拂袖而出。大司马闻之逆珰，珰大恨之。令侦事者日伺公门，卒无可中者。会南户部尚书缺，廷推公，逆珰传票致仕。” 天启六年(1626年)十一月二十一日，九卿科道官公推袁可立南京户部尚书。本来魏忠贤也有意依赖袁可立的才望来支撑和平衡多事的明兵部，但阉党已经无法隐忍袁可立的忤逆不顺，下决心将袁可立排挤出朝。袁可立当堂抗疏道：“此非挂冠神武门时乎?”(《睢州志·袁可立传》)，遂被迫致仕归里。时北则崔呈秀为本兵，自袁可立去职，天下兵马大权阉党一手握定。袁可立“归而魏焰益肆”(《节寰袁公传》)。
天启七年(1627年)春，又派崔文升总督漕运，李明道总督河道，胡良辅镇守天津。崔文升原来曾侍奉光宗服药，受到东林党的攻击。海内争相望风献媚，督抚大臣如阎鸣泰、刘诏、李精白、姚宗文等，争相为魏忠贤颂德立祠，纷纷攘攘，唯恐不及。下及武夫、商贾小人。无赖之徒也都为他建祠。这些祠堂都建得极为工巧，他们侵占百姓田宅，砍伐坟地树木，谁也不敢控诉他们。而监生陆万龄甚至请求以魏忠贤配祭孔子，以魏忠贤的父亲配祭启圣公。
当初，潘汝祯首先上书，御史刘之待会藁迟了一天，即被撤职除名。而蓟州道胡士容因不备具建祠书文，遵化道耿如杞因入祠不拜，都被投入狱中，判了死罪。因此天下的风气，章奏无论巨细，都称颂魏忠贤。宗室如楚王朱华、中书朱慎鉴，功勋外戚如丰城侯李永祚，廷臣如尚书邵辅忠、李养德、曹思诚，总督张我续以及孙国桢、张翌明，郭允厚、杨维和、李时馨、汪若极、何廷枢、陈维新、陈尔翼、郭如暗、郭希禹、徐溶等人，都是佞词连篇，不顾羞耻。魏忠贤也时常给他们加以恩泽作为报答。所有的奏疏，都称魏忠贤为“厂臣”而不称其名。大学士黄立极、施凤来、张瑞图在起草圣旨时，也必说“朕与厂臣”，没有人敢直写魏忠贤的名字。山东产麒麟，巡抚李精白画下图像上报朝廷。黄立极等起草圣旨说：“厂臣修德，故仁兽到。”妄言欺骗竟至于此。朱由校前后赐给他嘉奖令无数，所发给的诰命都仿九锡文。
这年从春到秋，魏忠贤冒领汪烧饼擒获阿班歹罗铁的功劳，累计庇荫锦衣卫指挥使达十七人。他的族孙希孔、希孟、希尧、希舜、鹏程，姻亲董芳名、王选、杨六奇、杨祚昌，都官至左、右都督和都督同知、佥事等。客氏的弟弟光先也加封为都督。魏抚民又从锦衣卫调任尚宝卿。而魏忠贤的志愿还没达到，正好袁崇焕上奏宁远捷报，魏忠贤于是令周应秋上奏封他的族孙魏鹏翼为安平伯。再记三大工程功劳，封他的侄子良栋为东安侯，加封良卿为太师，鹏翼为少师，良栋为太子太保。于是他普遍赏赐群臣，用崔呈秀为兵部尚书兼左都御史，唯独将袁崇焕的功劳废弃不录。当时鹏翼、良栋都还在襁褓之中，还不能走路呢。良卿甚至还代天子供祭南北郊社，祭祀太庙。于是天下都怀疑魏忠贤要篡夺政权了。
朱由校性机巧，好动斧锯以及涂漆之类的事情，累年不倦。每次在拉线削墨时，魏忠贤之辈常来奏事。朱由校很厌烦，荒谬地说：“我已知道了，你们好自为之。”魏忠贤因此便任凭自己的意愿恣行威福。他一年中多次出行，每次总是坐着文轩，羽帘青盖，四马如飞，铙鼓鸣镝之声，随着轰隆而过的车轮，隐没在飞扬的黄土之中。锦衣卫官校腰围玉带，踏靴着衤夸，提刀相随，夹驰于左右，厨师、优伶、百戏、奴婢这些随从的人，又以万计。百官的奏章，要用快马才能赶上。所过之处，士大夫遮道拜伏，欢呼九千岁，一些人干脆叫他“九千九百岁”“举朝阿谀顺指者但拜为干父，行五拜三叩头礼，口呼九千九百岁爷爷。” 而魏忠贤还左顾右盼，不加理睬。客氏居于宫中，胁持皇后，残虐宫嫔。偶尔出宫回私宅，侍从声威显赫，光照道路，看上去就像是皇帝的仪仗队。魏忠贤原来愚笨无所长，他的党羽便日夜教他，又有客氏做内主，于是群凶肆虐，荼毒海内。
权宦末路
天启七年(1627)秋八月，朱由校驾崩，信王朱由检即位。朱由检素来熟知魏忠贤的罪恶，自己深加戒备，魏忠贤的党羽开始恐惧了。杨所修、杨维垣先攻击崔呈秀以试探朱由检心意，主事陆澄原、钱元悫，员外郎史躬盛于是纷纷论奏魏忠贤。但朱由检隐而不发。
于是嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。奏疏呈上后，朱由检召见魏忠贤，让内官读给他听。魏忠贤非常恐惧，急忙用重宝贿赂信邸的太监徐应元，求他解救。徐应元是魏忠贤从前的赌友。朱由检知道这事，便斥责徐应元。十一月，便将魏忠贤发往凤阳安置，魏忠贤在去凤阳的途中，仍豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。李永贞得知消息，连忙派人密报魏忠贤。魏忠贤自知难逃一死，行到阜城时，听到后一项命令，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至四更，最后一起上吊自杀。朱由检诏令将魏忠贤肢解，悬头于河间府。将客氏鞭死于浣衣局。魏良卿、侯国兴、客光先等都被处死，并暴尸街头，还抄了他们的家。在抄客氏的家时，得八名宫女，大概想仿效吕不韦所为，所以人们尤其憎恨她。
崇祯二年(1629年)二月，朱由检命大学士韩爌等人审定逆案，这才将魏忠贤的党羽尽数逐出，东林党人又得以进用。那些与逆案有关的人日夜图谋报复。其后温体仁、薛国观之辈相继执政，他们暗中排挤正直人士，为翻逆案做准备。朱由检也厌恶廷臣结党营私，于是又委任宦官，而逆案中的阮大铖等人终于肆毒于江左，直到灭亡。