公元1644年，清朝定都北京，进而统一中国。清朝循历史定例在西藏行使主权，只要前朝所封官员进送旧朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不变。1652年，藏传佛教格鲁派五世达赖喇嘛应召到北京觐见清世祖顺治皇帝，次年受到清朝正式册封；后来，五世班禅又受到康熙皇帝的册封。
达赖喇嘛和班禅额尔德尼的封号和他们在西藏的政治宗教地位由此被正式确立，此后历世达赖、班禅须经中央政府册封遂成定制。1727年，雍正皇帝正式设立驻藏大臣处理西藏事务。
清朝对西藏的施政管理，在总结元明两朝治藏经验的基础上，根据实际情况和形势变化作了重大而全面的调整，例如：设置驻藏大臣总揽全藏；调整西藏地方的政教管理体制；赐封达赖喇嘛、班禅额尔德尼名号，并确定了金瓶掣签制度；确立西藏地方涉外事务、边境国防的决定权归中央等原则；勘定今西藏与青海、四川、云南间的界线；规定达赖喇嘛、班禅额尔德尼的辖区及权限，划分了驻藏大臣直辖区。
顺治时期
由十七世纪中叶到二十世纪中叶，虽然时有外来势力介入，但一直与西藏政权、历史息息相关的仍是达赖喇嘛政权。而达赖喇嘛政权的建立，达赖五世居功其伟。达赖五世（1617--1682）富有政治才能，公元1643年，他籍蒙古固始汗的兵力打败藏王，统一西藏，建立了政教合一的“甘丹颇章王朝”。然后，又于清顺治九年（公元1652年），到北京朝觐，接受清廷的册封，更加巩固了他的地位。
他在世的时候，可以说是西藏文化的黄金时代，不论经济、文学、艺术都有显著的发展，集西藏艺术大成的布达拉宫，也在这时开始重建。
康熙时期
1709年清康熙四十八年，清朝廷派遣侍郎赫寿前往喇萨，办理西藏事务。此为清代派遣大臣驻藏办理政务之始，但仅为临时派员，未成定制。1713年，清朝政府正式授予五世班禅喇嘛金印、金册，确定班禅和达赖的同等地位，“互为师”，谁大谁为师。
1716年，准噶尔部派兵入侵西藏，攻打拉萨。1717年准噶尔汗国新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地区，灭和硕特汗国，并且占领拉萨。清军多次被准军击败，最後於1720年由胤禵率军驱除成功，协助达赖七世入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区，这是清朝经营青海、西藏地区之始。
雍正时期
雍正时期，平定青海亲王罗卜藏丹津之乱後，雍正帝又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以控管青藏地区。1718年，清朝由青海路出兵入藏攻打准噶尔军队，不过全军覆没。1720年，清政府派兵护送七世达赖回藏。同年，後西藏向清政府求援，清朝第二次出兵才赶走准噶尔军。清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。清政府从此在西藏驻军。
1724年，清军击败准噶尔。1727年雍正五年正月，清世宗派遣内阁学士僧格、副都统马喇驻喇萨，“与达赖喇嘛、康济鼐、阿尔布巴等和衷办事”，并设立驻藏大臣衙门。自此，朝廷派驻藏大臣二员办理西藏事务。
乾隆时期
1739年乾隆四年，晋封噶伦颇罗鼐为多罗郡王。1747年，颇罗鼐病故，其次子珠尔默特那木札勒袭封郡王。珠尔默特那木札勒“素不信奉达赖喇嘛，心怀仇隟”，表面上顺从驻藏大臣，暗中联络蒙古准噶尔部，伺机起兵反叛。
1749年，珠尔默特那木札勒攻杀其长兄“阿里公”珠尔默特策布登，控制了阿里。1750年，驻藏大臣傅清、拉布敦迫於情势，诱杀珠尔默特那木札勒，随後为其党羽卓呢尔（官名）罗卜藏札什所杀。随後，清朝廷派四川总督策棱领兵入藏平叛。清政府驻藏大臣制度最终确立，成为定制，不再册封噶伦为札萨克，防止权力集中於世俗贵族之手。
清朝末期
1911年10月10日宣统三年八月十九日、藏历第十五饶迥铁猪年，武昌起义爆发，辛亥革命开始，以孙中山为首的革命党人一度主张“驱逐鞑虏”，排斥满族，建立汉族内地十八行省的政权（后来孙中山发现此议欠妥，遂改为“五族共和”）。边疆非汉族地方产生动荡和骚乱，清朝建立的国家出现分崩离析的危险，新疆、蒙古、西藏地方纷纷出现分离倾向。
驻西藏地方的清军军队是川军，成分很多是四川哥老会成员，武昌起义爆发和清帝逊位的消息传播到边疆少数民族地区，军队是发生了内讧，有拥护共和，有主张勤王，也有自行返回内地以自保。各派自相残杀，军饷也断绝了，清军在西藏地区开始大肆抢劫。清朝中央政府派驻的大臣联豫、钟颖等人只知道借机谋取私利，西藏地区极度混乱。
11月，驻拉萨清军发生内讧，部分官兵囚禁了末代驻藏大臣联豫，更有士兵乘机钞略百姓，攻击寺院。拉萨陷入混乱状态。1911年冬天，清四川总督赵尔丰在成都被过激民众处死，局势剧变，西康地区也发生严重动乱。至1912年底清军及驻藏大臣全部撤出西藏。