1274年 和1281年 ，元世祖忽必烈发动的两次侵日战争。日本成功地抵御了元两次粗暴的征伐，也导致了日本对中国的鄙视和敌视，同时又激起了日本人大和民族意识的高涨，使日本的具有神国观念的日本主义更加强烈与自信。
元世祖征日的后遗症除了导致中日友好关系受到迄今未有的重创、并使日本华夷思想——神国思想空前高涨之外，还有一个重要的后果就是促使倭寇活动问题化和严重化。所以，日本人对中国大陆及朝鲜半岛的武装干扰 倭寇的破坏活动——基本上是元以后才有的现象。
日本把功劳归于“神风”，神风吹走了蒙古，也给日本吹来了神国思想。其对元军的鄙视和仇视，此后日本转守为攻，开始以武装掠夺的方式来处理日中关系。一直到明朝的建立(公元l368年)，这样的情况，基本上还没有改变过来。
笔者认为，日本“神国思想”在元明时期的中日关系中表现为一种从“盾”到“矛”的转化过程，即在元代以及明代中期前犹如“盾”，侧重于自卫，主要为不臣中国寻找堂而皇之的口实;到了明末，成了以进攻为主的“矛”，为丰臣秀吉侵朝、征明乃至一统世界的行为和企图提供侵略的思想武器，也因丰臣秀吉的两次侵略朝鲜，中日关系恶化到了极点。
