三藩指清初吴三桂、耿精忠、尚可喜三位藩王所辖藩镇。清朝初年，由于清朝统治者力量尚不足以直接控制南方各省，因此将汉人降将有功者分封管理在一些南方省份：吴三桂封平西王，镇守云南，兼辖贵州;尚可喜封平南王，镇守广东;耿仲明封靖南王，死后，其子耿继茂袭封，镇守福建。上述三方势力合称三藩。三藩在所镇守的省份权力甚大，远超过当地地方官员，并可掌控当地军队、税赋等。
三藩的建立和其势力的养成，是清廷利用明朝降将平定及镇守南方的结果。清廷入关之后，因为八旗兵力不足，为了对付农民起义军和南明小朝廷的反抗，不得不依靠明朝的降官降将充当前驱，从事招抚及武力镇压。在明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂四人替清朝出力最大，所以均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要力量，在满清入关后为其效尽犬马之劳。经过二十年的斗争，坚决抗清的农民军失败了，南明的腐朽政权也垮台了。这时清廷把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要城池，而南方就暂让给吴三桂等去镇守。吴三桂驻云南，尚可喜驻广东，耿精忠(耿仲明之孙)驻福建，这样便形成了三藩。三藩之外，还有一个孔有德。但是孔有德在同农民军李定国作战时失败自杀于桂林，其子也被李定国所杀，所以无人袭封，仅有一女孔四贞嫁给孙延龄，清廷即以孙延龄为将军代领其众，驻守桂林。
三藩各拥重兵，久据数省。平南、靖南二藩各有兵力十五佐领，绿营兵各六七千，丁口各两万;平西王所属兵力五十三佐领，绿营兵一万二千，丁口数万。吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下。清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。
吴三桂初镇云贵，清廷曾准予便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所除授文武官员，号称“西选”，“西选”之官几遍各地。当时有“西选之官遍天下”之说。
顺治十七年，云南省俸饷九百余万，加以粤闽二藩运饷，年需两千余万。邻近诸省挽输不足，则补给于江南，致使清朝财赋半耗费于三藩。
吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。又借疏河修城，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，“日练兵马，利器械”，
暗存硝磺等禁物。通使达赖喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏入云南每年数千匹。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。部下将士多李自成、张献忠余部，勇健善斗。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事交其子之信。尚之信素性桀骜，横暴日甚，招纳奸宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜杀，常在其父面前持刃相拟，所为所行，日益不法。至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。