明末时期的大都督府是明朝中军都督府﹑左军都督府﹑右军都督府﹑前军都督府﹑后军都督府五都督府的总称﹐统领全国军队的最高军事机构。朱元璋初置统军大元帅府﹐后改为枢密院﹐又改之为大都督府﹐节制中外诸军事。
洪武十三年(1380)以大都督府权力太大﹐在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。
洪武十五年（公元1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（公元1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。
洪武二十三年（公元1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。
同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。
永乐元年(1403)﹐建留守行后军都督府于北京，后仍分五府，称“行在”中、左、右、前、后都督府。十八年﹐定都北京﹐除“行在”二字。洪熙元年(1425)，复称“行在”。
宣德三年(1428)﹐革“行在”都督府。正统六年(1442)﹐复建五府﹐无“行在”字。各都督府设左右都督(正一品)。都督同知(从一品)﹑都督佥事(正二品)﹐其属有经历司经历(从五品)﹑都事(从七品)等。都督初间以公﹑侯﹑伯为之﹐可参与军国大事﹔后率以公﹑侯﹑伯署府事﹐同知﹑佥事参赞军事。清袁赋诚《睢阳尚书袁氏家谱》：“九世枢（袁可立子），由官生初授詹事府录事,次任南京都督府后军都事。”
五军都督府分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。凡武职世官、流官、土官之袭替、优养、优给等项所属皆上报于府，府再转送兵部请选。选定后，经府下达都司卫所。首领官之选授和给由，皆由吏部。
其它如武官诰敕﹑水陆步骑之操练﹐军伍之清勾替补﹐俸粮、屯费与屯种之器械，舟车、军情声息、边腹地图文册、薪炭荆苇诸事，移与相关机构会同处理。各府只有统兵权，调兵之权在兵部。
每逢战事发生，由皇帝命将为帅，调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝，兵回卫所。明中后期五军都督府失去了参政、议政权，由“总内外诸军事”的中枢机构变成处处受制于兵部的单纯执行命令的机构，则是一分为五背后都督府实权削弱殆尽的事实。
五军都督府和兵部都听命于皇帝，五军都督府调有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。