阿巴亥于明万历十八年（1590年）出生于乌拉部都城，是乌拉部主满泰之女，布占泰的侄女。万历二十一年（1593年），叶赫部、乌拉部等九部联合进攻建州，结果被努尔哈赤打得大败，九部皆元气大伤。布占泰被俘，三年后才被释放。
1596年，满泰在一次意外事件中被杀，年仅7岁的阿巴亥失去了父亲，被新部主、她的叔父布占泰收养。1601年，努尔哈赤毫不费力地灭了哈达部，为保住乌拉部不受建州女真所灭，在布占泰的同父异母妹妹滹奈先前嫁给了努尔哈赤的同母弟弟舒尔哈齐之后，年仅12岁的阿巴亥由布占泰做主，嫁给了比自己大31岁、当时已有七位妾妃的努尔哈赤，布占泰亲自把她送到建州女真的赫图阿拉城。
据说幼小的阿巴亥不仅丰姿貌美，而且颇有机变，所以对于当时四十几岁的努尔哈赤来说，阿巴亥至少是可令人喜爱的。两年后，13岁的阿巴亥就被努尔哈赤册为大福晋。作为一个既无资历又无子女的少女来说，这份殊荣除了努尔哈赤对于和乌拉部关系的考量，更多的还是由于对她的宠信。
万历三十三年（1605年）七月十五日，阿巴亥为努尔哈赤生下了第十二子阿济格，万历四十年（1612年）十月二十五日，阿巴亥生下了第十四子多尔衮，万历四十二年（1614年）二月二十四日，阿巴亥又生下了第十五子多铎。在这个阶段，布占泰终于为了叶赫老女和努尔哈赤作反了脸，拿箭射了自己正怀着孕的媳妇（额恩哲），于是努尔哈赤灭了乌拉部，但阿巴亥饶机变不是虚名，她的机敏让她稳坐大福晋的宝座，她所生的三个儿子，因嫡出因素，努尔哈赤将八旗军队中的三旗交给他们分别掌管。
后金有收继婚习俗，故努尔哈赤考虑在身后由大贝勒即二子代善继娶阿巴亥的打算。代善也知道父亲的这一想法，而阿巴亥也希望在努尔哈赤故去后在后金政权中寻找靠山。而后，随着努尔哈赤小福晋塔因查的告发，在天命五年引发大妃事件：
努尔哈赤认为家丑外扬也有失体统，并未予追究。阿巴亥与代善相好，无非是想依靠大阿哥在家族中的政治地位，给三个小儿子铺开以后的生路。与此同时，她也留有一先告发说大福晋送食物给代善和四贝勒皇太极吃，皇太极心机深沉，他接受而未食但代善接受而食之；小福晋塔因查又告发说大福晋经常深夜出宫到代善家去；还告发说举行聚会时，大福晋精心打扮和代善眉来眼去。
努尔哈赤派人调查属实，但由于家丑不可外扬，即以私藏金银的罪名而将阿巴亥“离弃”。后世有人认为，塔因查告发是受到皇太极的指使，以达到排挤代善，打击乌喇那拉氏的目的。总之，阿巴亥带着儿子过了一年多被休弃的日子，住在小木屋里自己煮饭吃。
关于私藏金银，她为了给亲生儿女奠定经济基础，暗下把家中的银两、绸缎、首饰及古玩等物，分别藏匿在大儿子阿济格和乌拉城娘家家中。努尔哈赤先是派大臣额尔德尼等四人抄了阿济格的家，后又到乌拉城抄了娘家，索回了全部私藏财物。为了惩罚，努尔哈赤给阿巴亥制定了约法三章：一是不准她再与任何人来往，二是不准她听信谗言，三是与她隔房。
阿巴亥失宠，告发有功的庶妃塔因查和阿济根的地位迅速上升。然而，阿巴亥毕竟是阿巴亥，史书记载她“嫉妒、有机变”并非空穴来风，努尔哈赤占领辽阳之后，立即做出了一个重要决定，就是召回离异了一年的阿巴亥，将其重新立为大福晋。由此可见，努尔哈赤仍旧对她有留念，他需要她为自己的事业助阵。
阿巴亥复位后，历史上关于众福晋活动的笔墨也开始出现。努尔哈赤的女人们逐渐从闺阁走上政殿，从京城走向野外，她们不再是帝王的附庸，开始有组织地从事一些政务，比如出席东京城的奠基典礼，奔赴广宁前线慰问，随大汗为垦地开边出行等，这一切与众妃之首阿巴亥的作用息息相关。
后金天命十一年（1626年）正月，68岁的努尔哈赤亲率13万大军攻打由明朝重将袁崇焕镇守的宁远城（今辽宁省兴城市），因身受重伤，大败而归。伤势稍好后，又亲率大军出征蒙古，半个月后胜利回师，不久因病势加重住在清河温泉处疗养。努尔哈赤自知大限已到，命人去请大福晋阿巴亥乘船由太子河顺流而下，到浑河见面。几天后，努尔哈赤因毒疮突然发作，医治无效，与世长辞。
但接下来缤纷缭绕、瞬息万变的时局，就不是阿巴亥这样一位势单力薄的女人可以左右的了。努尔哈赤尸骨未寒，年仅35岁的皇太极就抓住时机，乘乱率几位大贝勒闯入阿巴亥的后宫，传达所谓的“帝遗言”，强迫阿巴亥从先帝之命而殉葬。皇太极再清楚不过，治死阿巴亥，既可以牵制代善，又可以控制她的三个儿子。阿巴亥坚决不从，但又如何能够抵挡住膨胀到极限的图谋继位的野心。
阿巴亥当时37岁，正值盛年，她的三个儿子：阿济格22岁已经成年、多尔衮只有15岁、多铎13岁。出于对尘世的留恋和对爱子的牵挂，阿巴亥百般支吾，希望事情能有转机。但诸王寸步不让，阿巴亥在被逼无奈、山穷水尽的情况下，自缢殉死。《太祖武皇帝实录》较为详细地记述了阿巴亥被逼殉死的情景：
“后饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。留之恐后为国乱，预遗言于诸王曰：“俟吾终，必令之殉。”诸王以帝遗言告后，后支吾不从。诸王曰：“先帝有命，虽欲不从，不可得也。”后遂服礼衣，尽以珠宝饰之，哀谓诸王曰：“吾自十二岁事先帝，丰衣美食，已二十六年，吾不忍离，故相从于地下。吾二子多尔衮、多铎，当恩养之。”诸王泣而对曰：“二幼弟，吾等若无恩养，是忘父也。岂有不恩养之理！”于是，后于十二日辛亥辰时自尽，寿三十七，乃与帝同柩。”
天命十一年（1626年）八月十二日辰时，阿巴亥自尽而死。皇太极即皇帝位以后，于崇德元年（1636年）追谥其生母孟古为“孝慈昭宪纯德真顺承天育圣武皇后”，并将神牌供放于太庙内。孟古是努尔哈赤的大妃，是皇帝的生母，皇太极这样做，无可厚非。但阿巴亥同样是努尔哈赤的大妃，与孟古哲哲地位相同，却没有被追谥为皇后，也没有设神牌，显然是被有意贬低。
1650年8月，重权在身的多尔衮为生母阿巴亥追封为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”之号，一并将牌位放置在太庙之中，算是为冤死的母亲昭雪。然而，仅仅四个月过后，多尔衮因病逝去，顺治皇帝废阿巴亥封号，其神牌也从太庙撤出，从此修史者不再提及有关阿巴亥。