徐福东渡，在2000多年前是空前的壮举。但由于徐福第二次扬帆东渡一去不归，致使这个航海事件带有神秘色彩。
秦始皇二十八年（公元前219年），这位一心想传位万世的皇帝在“南登琅邪”、“留三月”的海上巡游时，接到了齐人徐福等方士的上书，说海中有“三神山”，于是，秦始皇便“发童男女数千，入海求仙道”。秦始皇派出了一支多达三千人的庞大船队，去探求“三神山”。
徐福首次渡海的出发地，是在山东半岛南端的琅邪。琅邪是当时的一个古港，早在春秋时，这一带的航海家们就从这里出海，航达朝鲜半岛，而后顺半岛沿岸航行，经过对马岛到达日本九洲。
徐福第二次出海的始发港，由于尚没有找到史书详细记载而说法不一。徐福村人（赣榆）传说是农历的十月十九日，从他的家乡赣榆下海。另一个说法是在山东崂山。还有一种说法是，徐福第二次出海走的仍是第一次的航线，也是在琅邪。这是根据《史记·淮南衡山列传》而得知的。
因为在《史记·淮南衡山列传》中称，徐福第二次航海时，诈称仙人索取“百工之事”，遂“资之五谷种种百工而行”。如据此推断，徐福有可能走的仍是上次的旧航路。不仅如此，而且也由此我们得知徐福二渡日本，带去了古代中国的“百工之事”，如汉字、中草药和水稻种植等许多文化和科学技术。
徐福东渡日本，促成了一代“弥生文化”的诞生。那时，日本还没有文字，也没有农耕。徐福给日本带去了文字、农耕和医药技术。为此，徐福自然成了日本人民心目中的“农神”和“医神”。这是随着考古及两国人民之间的交往逐步被发现和发掘的。
近年来，在日本福冈县板付的考古遗址中，又发现了碳化米粒遗存，经碳十四测定，与在朝鲜半岛釜山金海地区发现的碳化米为同一类型。说明在同一个历史时期，日本人民开始了农业生产，尤其是水稻种植。在同一时期，日本也开始使用青铜器和铁制生产工具以及丝织品等，而且开始有了文字。所有这些，都与此前的日本绳纹文化没有任何传承关系。日本学界、考古界公认：弥生文化源于中国北方沿海文化。这也是日本文字为什么和汉字相似的缘由。
弥生文化起源于日本绳纹文化之后，由于最先是在日本东京弥生町发现出土而定名。它起自公元前二百多年，至公元三百多年之间，相当于中国的战国末年及秦汉时期。在弥生文化遗址中，还出土了大量的铜剑、铜铎、铜铎等。铜铎以中央日本为多，铜剑、铜铎则大多在九州。
日本学界认为，加工这些器物的原料和技术来自中国。日本学者八木奘三郎说，中国山东省有类似铜剑、铜铎的器物出现；梅原末治等学者说，“铜铎之见于日本，无疑意味着中国秦汉人的东渡”。此外，在弥生町遗址中，还出土了中国古钺、古镜和秦式匕首和汉字等。日本人喜欢葫芦都与中国入海的方士有关。
日本学者村新太郎著文，盛赞中国稻米传入日本的重大意义。他说：“稻米拯救了日本列岛饥饿的人们。无论如何稻米要比其他一切都值得感谢。米与牲畜、贝类不同，可以长久贮藏。不久，村落形成了国家。”稻米的传入，结束了日本的渔猎生活，开始了农耕。那么，日本始终把徐福奉为“农神”和“医神”当在情理之中。
近年，据统计，在日本的徐福遗迹有五十多处。清代驻日使馆参赞黄遵宪写有“避秦男女渡三千，海外蓬莱别有天。镜玺永传笠缝殿，倘疑世系出神仙”一诗，并注有“日本传国重器三：曰剑、曰镜、曰玺，皆秦制也。”
日本新宫有徐福墓，还有1071字的墓碑。新宫市内更有制作和销售“徐福天台乌药”、“徐福寿司”、“徐福酒”等商品的。在速玉神社内，陈列着徐福所用过的鞍、蹬等物。新宫蓬莱山内还有“徐福神龛”，被称为“徐福之宫”。每年都有“御船祭”、“灯祭”等，都是祭祀徐福的活动。传说日本还有500年一度的“徐福大祭”。