渊源一
源于女真族，出自金国时期女真族夹谷氏部落，属于以部族名称汉化改姓为氏。据朝鲜史书《龙飞御天歌》记载：在明朝中期以前，女真中有夹温一姓。经查证，夹温是远在金、元时期的女真族姓氏，亦是夹谷氏的谐音。
“夹谷”，是金国一个较大的女真族著姓，在史籍《金史·列传》中有十数位夹谷氏名人载入传记之中。如：“夹谷清臣本名阿不沙，胡里改路桓笃人也。姿壮雄伟，善骑射。皇统八年，袭祖驶达猛安”。“夹谷衡，本名阿里布，山东西路猛安益打把谋克人也，金大定十三年，创设女直进士举，衡中第四人，补东平府教授。”
关于“夹谷”这一姓氏，在史籍《金史·国语》中注释为：“夹谷曰仝”。仝与佟、童是汉字中的同音异字，又同为夹谷氏而演变为朝鲜史书中所记载的夹温姓氏。金、元时期佟氏女真族人所居之地，被其称作佟佳江(今吉林通化)，其后世遂以地名为姓氏，称佟佳氏。
在“佟”这一姓氏的历史上，曾被清太祖佟·努尔哈赤及其先世采用过，史书亦有记载，如“依兰豆漫夹温·猛哥帖木儿、童·凡察、童·叫场、佟·塔失、佟·努尔哈赤”等。后来建州女真族人的后裔所冠用汉字姓氏佟氏、童氏及仝氏，均是出自金国时期的女真族夹谷氏→佟佳氏。
渊源二
出自明末清初辽东佟氏一族，属于满化改姓为氏。史籍《满洲八旗氏族通谱》对佟佳氏成员佟养正做了如下记载：“佟养正，镶黄旗人，世居佟家地方。其祖达尔汉图墨图于明时，同东旺、王肇州、索胜格等，往来近边贸易，遂寓居开原，继迁抚顺。”在史书记载中，明末清初佟氏为佟佳氏，是以地名佟佳(今辽宁新宾)为姓氏的，而其氏族成员多有进入明边进行贸易之人。
作为以地为氏，是明朝女真族人冠用姓氏的一大特征，他们是处于不断地迁徙及渔猎采集生活中的需求，而以栖居地为姓氏的，佟氏的始祖名叫达尔汉，从事贸易开始寓居开原，后来迁移至明朝的抚顺关，遂定居。传到佟养正、佟养性二兄弟，成为辽东大族，以贸易称雄一方。佟·努尔哈赤指挥后金军攻克抚顺后，佟佳氏一族首领佟养正为清政府提供了大量军费资金，并携族人归附正蓝旗汉军。
后佟养正之孙佟国纲于清康熙二十七年(公元1688年)与佟佳·巴都哩、佟佳·蒙阿图等诸满族大臣考订族谱，向清庭请入满籍。大清朝廷内务府评议后，认为佟氏居官甚众，但多应归属汉军，只批准了佟国纲一支加入满籍，隶属正白旗满洲，改女真族姓氏为佟佳氏。从此，佟氏一族分属两个民族，一支为汉族，一支为满族，并在满清八大姓中为人口最众之姓氏，世居马察(今吉林浑江)、加哈、巴尔达、佛阿拉、佟佳(今辽宁新宾)、扎库木(今辽宁抚顺)、长白山等地。清初名臣扈尔汉、巴笃扎、佟养性、佟国纲、佟国维、隆科多等都是这个家族的成员。
佟佳氏家族累代显赫，世袭公侯，素有大清帝国“佟半朝”之称。在清朝中叶以后，佟佳氏大多省文简化为单姓佟氏、童氏、仝氏等。