施琅青年时个性极强，常常与脾性相同的郑成功发生冲突。顺治八年(1651年)，施琅因反对郑氏“舍水就陆”的战略方针和强征百姓粮饷的做法，与郑氏产生了尖锐的分歧。
次年四月，施琅捕杀了手下一名改投郑成功的清兵，郑成功便将施琅及其父施大宣、其弟施显投入牢中。施琅被捕后不久逃脱，藏在副将苏茂家中，并请人从中调停。但郑成功非但不接受调解，反而派人前去刺杀施琅。行刺失败后，郑成功一怒之下竟将施大宣和施显杀了，将施琅逼上了投清之路。
降清之后，施琅被授为同安副将，迁总兵。康熙元年(1662年)，施琅被任命为福建水师提督，1665年，封靖海将军。
1651年（顺治八年），施琅在清军登上厦门岛形势极为严峻的时候，曾经率领部卒数十人奋力作战；郑成功回到厦门论功行赏，奖给白银二百两。表面上是赏罚分明，可是，郑成功对施琅的傲慢跋扈却怀有戒心。
尽管郑成功肯定了他在厦门迎战清军的功绩，却不肯归还他的兵权。施琅在广东时曾经委婉地提请郑成功注意主力西进后，后方兵力单薄的危险，郑成功听不得不同意见，解除了他的兵权。
在施琅看来，自己在总的用兵策略上提的建议已经被事实证明是正确的，遣回厦门以后，又不顾个人安危，奋勇同清兵作战，满心以为郑成功班师归来将恢复自己的左先锋职务。不料，郑成功回到厦门以后，并不让他官复原职。
施琅大为不满，向成功报告自己心灰意懒，想去当和尚，借以探测成功对他的态度。成功不为所动，叫他另行募兵组建前锋镇。施琅见难以挽回，一气之下剃光头发，不再参见郑成功。
1652年（顺治九年），曾德事件导致施琅与郑成功公开决裂。自从郑芝龙降清后，曾德似乎不大得志，在郑成功军中受施琅节制。施琅既被削去兵权，曾德为求出头之日，利用过去在郑氏家族军队中的关系投入成功营中充当亲随，即所谓“恃郑氏亲昵，逃于郑所”。施琅听到消息后，大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。
郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，就在五月二十日密令援剿右镇黄山以商量出军机宜为名逮捕施琅之弟施显，同时，命右先锋黄廷带领兵丁包围施琅住宅，将施琅和他的父亲施大宣拘捕。
施琅被捕后，在一些亲信部将和当地居民的掩护和帮助下逃到大陆。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，在七月间把施大宣、施显处斩。施琅得知父亲和弟弟被杀的消息，对郑成功恨之入骨，死心塌地投靠清朝，一意同郑氏为敌。