魏源坚决反对西方资本主义的侵华活动，提出了反侵略的主张与办法。他对人民群众的力量有一定的认识，同林则徐“民心可用”的观点相一致，提出“义民可用”的主张。他从三元里和台湾等地人民抗英斗争中得到鼓舞。
在三元里人民痛击英国侵略者之后，他满怀激情地以“同仇敌忾士心齐，呼市俄闻十万师”，“前时但说民通寇，此日翻看吏纵夷”的诗句，热情讴歌三元里人民的抗英斗争，愤怒声讨投降派为侵略军解围的可耻行经，并在《海国图志》中写道：“三元里之战，以区区义兵，围夷酋，斩夷师，歼夷兵，以欵开网之而逸，孰谓我兵陆战之不如夷者？”又说“广东之斩夷首，捐舰者皆义民”，“两禽夷舶于台湾，火攻夷船于南澳者亦义民”。
他主张利用和依靠人民群众作为抵抗外来侵略的主要力量，与投降派“防民甚于防寇”的反动政策形成鲜明的对照。
为了有效地进行抵抗，他反对“浪战”，而主张“以守为战”。他总结鸦片战争的经验教训，提出“自守之策二：一曰守外洋不如守海口，守海口不如守内河；一曰调客兵不如练土兵，调水师不如练水勇”，主张采取诱敌深入的策略，“设阱以待虎，设以待鱼”，以歼灭来犯者。这种相信熟悉情况的当地人民群众，发挥他们的长处和抗敌的积极性来组织反侵略武装力量，并采取机动灵活的战略战术，是切合于当时敌强我弱，敌寡我众的客观实际的，也是完全可行的。
魏源的爱国主义思想，并不是在鸦片战争败北、民族危机深重条件下的一种突发性的产物。它是渊源有自的，是和他毕生奉行经世致用的治学原则、躬亲履践的变革主张、选贤任能的人才学说紧密地联系在一起的。或者说，正是由于魏源一贯强调经世致用，勇于变革，爱才惜才，才使他的爱国思想在内忧外患的历史紧迫关头发展到了高峰。
在这里，客观的重大历史事件，仅仅起了触媒剂的作用。作为地主阶级的开明改革派，魏源的思想归本儒学，杂取旁收，兼采法、老、兵诸说，并及西方之书。但是，魏源治学的出发点和归宿点，纯在致用。通经为文，淑世致用，确是魏源思想的主动脉。近人齐思和指出:“魏源兼揽众长，各造其极，且能施之于实行，不徒托诸空言，不愧为晚清学术运动之启蒙大师矣”