曾国藩非杀李秀成的理由是什么?剿灭太平天国的主力是曾国藩的湘军，而不是清朝主体八旗军。为什么要让湘军去打太平天国?这是因为咸丰、慈禧实在没办法了，而李秀成本人也实在是知道的太多了。
(太平天国运动是在1851-1864年间，从咸丰元年到同治三年，清朝的实际统治者从咸丰皇帝过渡到慈禧太后)
满清的八旗军，在明末清初，的确有过他们的辉煌。但是入主中原、天下安定之后，这种世袭的兵制导致了军力的迅速下降。到了清末，八旗军已经不堪一战了。这才导致清末的绿林军、勇营制度的不断改革。
太平天国时，清朝中央政府已经拿不出一支像样的军队，去扑灭这来势汹汹的烈火。不得已，只好放权，允许各地地方政府自己编练军队。勇营，在此之前只是一种临时召集、辅助正规军的武装，这时却变成了独立作战的正规军。曾国藩的湘军，其实就是一支经过改革的勇营。
湘军，以及后来的淮军、楚军，和八旗绿营不同，其将帅的权力很大，集管理、指挥、财务大权于一身——划重点，湘军的财务大权是独立的。
一支部队，又不事生产，怎么能有财务权?说白了，就是靠抢(清廷肯定给湘军提供军饷，但，钱是不会嫌多的)。抢老百姓的会失去民心，对以后的作战不利，而打败敌人后抢夺战利品，那就是很正常的。
理论上，打败太平天国之后，获得的战利品应该上交国家、上交清政府。不过湘军显然没有这样的道德节操。而曾国藩虽然被近来研究者捧为“晚清第一名臣”，也不可能要求部下“文官不贪财，武将不怕死”、只凭一腔热情就决胜千里。士兵奋勇杀敌，还不是为了“子女玉帛”?毕竟那个时代的士兵，还没有经过革命熏陶教育。
湘军打败太平天国，攻占天京城，一定夺占了洪秀全积聚的无数财富。至于顺手牵羊，抢夺平民财产，这类“军纪败坏”的事情也不会少。甚至再严重一点，直接抢占清朝地方政府的财产，杀官杀吏的行为，也不可能没有。
这些事，要瞒过千里之外、深居紫禁城中的慈禧，是可能的。要瞒过亲历战争的“忠王”李秀成，是不可能的。
或者说，慈禧太后一定心里有数，但是鉴于曾国藩的功劳和实力，在没有真凭实证的情况下，她是可能放湘军一马的。但如果真凭实据、证据确凿，慈禧太后也没办法视而不见。甚至，朝廷利用这些“罪证”做文章，干掉“功高震主”的曾国藩，也不是绝无可能。
所以，为了自己的安全，为了湘军的安全，曾国藩必须杀掉李秀成这个重要的证人。顺带的，攻下南京(太平天国称为“天京”)后屠城、烧城，也是为了同样的目的。