康熙时着手整顿吏治，恢复京察、大计等考核制度;派心腹包衣(即家奴)如曹寅、李熙等人打探地方物价、人民收入与官绅不轨之事，并以密折奏报，此即密折制度的萌芽，到雍正时期趋于完善。
在中央，由于皇帝推崇乾纲独断，导致内阁形同虚设，清初还保留政大臣共同议政的形式。康熙设立南书房，实际上成为皇帝的机要秘书处。雍正时设军机处，为政府最高决策机构，而军机大臣也是“跪受笔录”。乾隆时期直接撤销议政王大臣会议，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。
明清虽然不设宰相，但是明代内阁大学士就有宰相之实，而清朝只有内阁大学士兼军机大臣才有宰相之实，可见清代对大臣的管制之严。而三代帝王更是充分利用秘密访查、秘折上奏等方式以秘治秘、秘密治理力求最大限度的加强社会控制。
强化皇权
康熙亲政后，着手强化皇权。他一方面勤于政务，举行御门听政；另一方面，他在康熙十六年（1679年）设立南书房，“拣择词臣才品兼优者充之”，并使之草拟圣旨，与闻机要，待遇非常优渥。大量汉族士大夫如高士奇、陈廷敬、李光地、张廷玉、朱彝尊、王士禛、徐乾学、王鸿绪、查慎行、胡渭、熊赐履、方苞等先后进入南书房任职。
南书房的设立，一方面笼络了汉族知识分子，一方面使康熙受到更多汉文化的熏陶，最重要的是削弱了满洲议政王大臣会议以及外朝内阁的权力，强化了皇权。
颁布圣谕
康熙九年（1670年），亲政一年的康熙帝晓谕礼部，称“至治之世，不以法令为亟，而以教化为先。……盖法令禁于一时，而教化维于可久。若徒恃法令，而教化不先，是舍本而务末也。……朕今欲法古帝王尚德缓刑、化民成俗。”
于是在顺治帝“六谕”的基础上颁布《圣谕十六条》，作为康熙的施政纲领，内容是“敦孝弟以重人伦、笃宗族以昭雍穆、和乡党以息争讼、重农桑以足衣食、尚节俭以惜财用、隆学校以端士习、黜异端以崇正学、讲法律以儆愚顽、明礼让以厚风俗、务本业以定民志、训子弟以禁非为、息诬告以全善良、诫匿逃以免株连、完钱粮以省催科、联保甲以弭盗贼、解雠忿以重身命”。
治吏亲民
康熙亲政后，着手整顿吏治，恢复了京察、大计等考核制度。为了防止被臣下蒙蔽欺骗，康熙还亲自出京巡视，了解民情吏治。其中最著名的是六次南巡，此外还有三次东巡、一次西巡，以及数百次巡查京畿和蒙古，南怀仁记载他巡视时“亲切地接近老百姓，力图让所有人都能看见自己，就像在北京时的惯例一样，他谕令卫兵们不许阻止百姓靠近。
他尽力撤去一切尊严的夸饰，让百姓们靠近，以此向臣民展示祖先传下来的朴质精神。”此举极大的促进了康熙对民情的了解，他还亲自巡视黄河河道，督察河工，并下令整修永定河河道。
康熙晚年倦勤，导致官吏贪污，吏治败坏。康熙四十九年（1710年），御史参劾户部堂官希福纳等侵贪户部内仓银六十四万余两，牵连的官吏多达112人。康熙最后只把希福纳革职，其余官吏则勒限赔款。