方腊是睦州青溪人，漆园雇工出身。为人豪爽仗义，在乡间很有号召力。因北宋末年宋徽宗酷爱奇花异石，以朱勔为首的贪官污吏为投其所好，趁机大肆搜刮，搜求浙中珍奇花石进献。并在苏州设应奉局，靡费官钱，百计求索，勒取花石，用船从淮河、汴河运入京城，号称“花石纲”。这种搜刮和无休止的徭役让百姓不堪其扰，生灵涂炭，中产家庭都纷纷破产。
在这种背景下，方腊借助当时流行的民间宗教“摩尼教”的宗教理论，组织群众，在“花石纲”祸害最为严重的睦州帮源发动起义。以诛杀朱勔为号召，自号“圣公”，设置官吏将帅，建立政权。江浙一带百姓纷纷响应。起义烽火迅速席卷浙江江苏安徽一带。部众发展到近百万，威震东南。相比之下，梁山宋江起义不过区区几十人的规模而已。方腊计划划江而守，渐图进取，十年内推翻宋王朝。
然而当时的江浙地区商业繁华，已经成为了北宋的经济命脉所在。朝廷不可能坐视方腊在这一地区坐大。于是宋徽宗以童贯为宣抚使，率军十五万对方腊起义展开镇压。童贯这个人宦官出身。虽然历史上和以《水浒》为代表的小说中都把童贯脸谱化成了一个不学无术，操弄权柄的奸臣。但就史实而言。童贯的军事能力还是值得肯定的。可以说，在宦官这个行列中，武力值最高的除了三宝太监郑和，就数童贯了。
童贯少年时投在宦官李宪门下。性情乖巧。从入宫伊始，就善于揣度圣意。预先奉承。得到了皇帝的宠爱。宋徽宗即位，在杭州置金明局，童贯以供奉官的身份主管此事，开始和蔡京沆瀣一气，其保举蔡京进京任官。蔡京升任宰相后又投桃报李，向宋徽宗推荐童贯为监军。但童贯在监军任上并没有掣肘主帅，反倒是违背皇帝旨意，命主帅王厚出兵交战，一举收复四州。童贯的军事能力可见一斑。童贯不仅攻打西夏，平定方腊，还主导了北宋联金伐辽。虽然伐辽失败，但这并非童贯一人之过。而是宋朝军事整体实力使然。童贯能在宋朝军事实力孱弱的情况下，屡克外敌，平复内乱。其军事能i还是值得肯定的。
方腊起义虽然声势浩大，但是其主要原因是基于宋朝的军队设置，地方军队也被称为厢军，多为老弱病残，毫无战斗力可言。在这样的军队面前，农民起义军自然能够凭借人数优势摧枯拉朽，风卷残云。然而宋朝军队的主力是中央禁军。也就是《水浒》中豹子头林冲任枪棒教头的那个“八十万禁军”。虽然北宋的对外战争屡屡失败。但是中央禁军的战斗力还是有的。并且远远不是一支农民武装所能抗衡的。
虽然方腊借助宗教和农民对朝廷的反抗情绪组织起了政权，但是其组织并不严密，也缺乏明确的政治纲领。对所俘虏的地方官吏不分青红皂白，定要割其肉，断其体，取其肺肠，或者熬成膏油，乱箭穿身，用各种办法折磨他们，讨还血债，以解心头恨。这种残酷的报复手段使得方腊起义的发展受到了很大制约。
在这样的情况下，加上一个武力值爆表的太监童贯，方腊起义的失败也就是可以预期的了。宋徽宗宣和三年，方腊派部将方七佛率六万任攻打秀洲。秀州统军王子武据城固守。不久，童贯大军到来，里应外合，杀退起义军。方腊不得不退守杭州。童贯率军乘胜追击，水陆并进，很快收复了杭州和其他起义军占领的城池。宣和三年四月，方腊及其妻儿等被俘。宣和四年三月，方腊余部被全部剿灭。童贯从出兵镇压到班师回朝前后用时仅四百五十天。童贯也因剿灭方腊起义之功被迁为太师，改封楚国公。
历史上真实的方腊起义的影响力远远超过了梁山的宋江起义。而且方腊有较强的组织才能，自身又出身贫苦，所以能号召很多生活困苦的农民。他还参与传教，吸收了大批教徒，这些人后来成为起义军的骨干力量。摩尼教主张“是法平等，无分高下”，信教者都是一家，同时还主张吃素断荤，节省钱财，教友中实行互助。
在起义军内部，政治上彼此平等，不分上下尊卑，大家团结一致共同对敌；经济上凡钱财物用一概公共享受使用，没有你我之分。方腊的政治觉悟也不是宋江之流能够与之相提并论的。而且自始至终，方腊始终没有接受过朝廷的招安。就这一点来看，方腊的格局和政治抱负也远在宋江之上。