玄烨是顺治皇帝的庶出，生母佟佳氏（原本佟氏，后改为佟佳氏）是顺治皇帝一个连封号都没有的小妃子，隶属于汉军旗，汉军旗本就比满军旗、蒙军旗的位置低。
玄烨出世不久，顺治皇帝便碰到了自己一生的挚爱董鄂氏，他把自己全部的感情奉献给了皇贵妃董鄂氏，幼小的玄烨好歹是顺治皇帝的亲儿子，还在顺治皇帝心中占有微薄的存在感，可是玄烨的母亲却凄惨得多，顺治皇帝到死，心里都没有过佟佳氏。
佟佳氏后来入满洲镶黄旗，还是康熙皇帝登基之后，加尊自己母亲而抬旗的。
玄烨很小的时候，就被送到紫禁城外北长街路东的一所宅第中，让乳母负责抚养。
将玄烨送出宫的名义是说他“未经出痘”，需要避痘，实际上却是他患了天花，顺治皇帝不愿这个患有恶疾的孩子死在宫中。
对此，玄烨终身感到遗憾，直到他六十多岁时还感叹世祖章皇帝（顺治皇帝）因为自己幼时出痘，让自己的乳母带着自己住在紫禁城外，自己的父母膝下，未得一日承欢。这是我六十多年来的遗憾。
顺治皇帝一生叛逆，只在乎自己的董鄂妃和所生的皇四子，其他子女他都很少过问，对玄烨这个庶子的教育，也是不太关注，所以玄烨的教育由其祖母孝庄皇太后一手承担起来。
从他能站立学步起，孝庄皇太后就要求他起居言语举止，都遵循宫廷礼仪，就是宴居独处，也不能有所逾越。否则，就要受到孝庄皇太后各式各样的惩戒。
孝庄皇太后严格的教育，为玄烨以后成为一个有所作为的君主，奠定了良好的基础。
