419年，刘裕派人除掉晋安帝，随后立司马德文为新帝。晋恭帝司马德文是东晋最后一位皇帝，他的地位就和东汉末年汉献帝差不多，没有任何实权都是被他人挟持。不过晋恭帝最后的结局并没有汉献帝那么好，汉献帝禅位以后起码还能落个善终，而晋恭帝禅位以后则是被刘裕派人用棉被给闷死。司马德文已经决定禅位，刘裕为何还要将司马氏赶尽杀绝呢?刘裕究竟是如何做出抉择的。
南北朝之前的禅让，皆能厚待前朝禅让之君。而自南北朝起，王朝之间的禅让便陡然血腥，不但禅让之君的性命罕能保全，前朝宗室也多被残害。而这一切的始作俑者便是南朝宋武帝刘裕，那为何刘裕要首开恶例，弑杀禅让之君、并将晋宗室屠戮殆尽呢?
其一，晋司马氏虽已沦为傀儡，但仍受到士族们的拥护，其政治号召力不容低估。在晋室南渡之后，有两次权臣篡国不成，皆与此密切相关。一次是东晋初年的王敦之乱，王敦为丞相王导的堂兄，其与王导共同辅佐晋元帝司马睿建立东晋，而长期担任大将军一职。东晋初期的实权，完全掌控在琅琊王氏的手中，时有“王与马共天下”之说。
其后，王敦以清君侧为名，率军攻入建康(今南京)，得以专擅朝政。但王敦却图谋篡位不成，皆是遭到其他北方流亡士族的反对，最终王敦身死军败。另一次是桓温篡国未果，桓温可以称得上是东晋的“曹操”，战功赫赫，灭成汉而收复蜀地，并多次北伐，进入关中并收复旧都洛阳。桓温独揽朝政十余年，操纵废立，但图谋帝位不成，也是受制於朝中王谢等势力。桓温死后约三十年，桓温之子桓玄起兵於荆州，并率兵进入了建康，逼晋安帝禅位给自己，并改国号为楚，史称桓楚。但桓楚政权，最终却被刘裕所灭。
刘裕弑杀晋朝禅让之君，并屠戮晋宗室，应是受了王敦、桓温的失败启发。
其二，司马氏乃北方大士族出身，又享国一百五十余年，根系庞大。司马氏能从曹魏的手中篡得天下，一则是因司马懿父子的战功与威望;二则是司马氏本就为大士族出身，宗族繁盛、世世为官，而有坚实的统治基础。而今，司马氏又享国一百五十余年，其根系就更为庞杂。
而刘裕虽云是汉宗室刘交之后，却出身贫寒，既缺乏名望，又无宗族根基。故而，虽然权力在手，却对司马氏颇为忌惮。
其三，司马氏得国不正，而引来的痛恨。历代权臣篡位，司马氏的篡国行径是最遭人鄙夷的。据《晋书》记载：明帝(司马绍)时，王导侍坐。帝问前世所以得天下，导乃陈帝创业之始，用文帝末高贵乡公事。明帝以面覆床曰："若如公言，晋祚复安得长远!"
即是司马懿的子孙，都为司马懿父子得天下的手段而感觉到羞愧，并感慨道：倘若如此，晋朝的国祚也不会长远。司马懿是腹黑心狠的形象代表，为篡位夺权而行诡诈之术，并公然背弃誓言，大肆诛戮曹爽及其党羽，诛戮太重、牵连过广而令当时的名士都为之减半。而司马师鸩妻废帝、司马昭弑杀魏帝，也都臭名昭著。虽其事已远，却难以令人泯忘，故而，给其子孙带来了。