清朝实施的“养廉银政策”从正式实施开始就埋下了一个很大的隐患，即“养廉银”来源是“耗羡银”，而耗羡银本身并不是朝廷的正项收入，所以从本质上来说，养廉银是通过征收耗羡银的方式把财政压力转移到老百姓身上，从而加重人民的负担。养廉银政策实施之初，雍正帝就明确认识到了这一点，他所提出本来是在收取钱粮的时候增加耗羡收入就是不合理的，因为原本就不该有这项收入。因此希望在后期可以把这项不应该有的征收给废除。在耗羡归公的政策开始实施后，这项政策则必然会成为朝廷的正项收入，但同时也会带来征收耗羡之外又增加耗羡的问题。
雍正帝在实施耗羡归公的政策时，就始终坚持要尽可能的在全国范围内减少耗羡的征收比率，以此来减轻人民的压力，因为即使是一成比率的征收标准，对于民众来说都是十分沉重的。所以养廉银在实施的时候就一直面临着财源不合理的问题，究极原因，还是将原本应该由国家财政支出的养廉银数额转嫁到人民的身上，把原本任意滥征的耗羡银以国家规定的形式变成公开的征收，由此也从根本上预示着养廉银制度并不能实现长久养廉的目的。
养廉银在实施的之初，雍正帝的想法是暂时用来解决耗羡滥征的问题，所以，这也仅仅是为了惩治腐败的一种权宜之计。通过养廉银政策的实施，使得国库开始逐渐充盈起来，从而也大大限制地方官员受众的权力，为雍正帝整顿朝廷腐败提供了很大帮助。雍正帝提出：
“提解火耗，原一时权宜之计……各省火耗自渐轻以至于尽革，此联之深愿”，“不治其本则贫。不此之图，而兢兢于耗羡，所谓治其标者也。”
由于雍正皇帝在养廉银实施初期的时候就想着是一种暂时实施的政策，所以在执行中使得养廉银在实施过程中面临着一系列的尴尬境地。首先来说，因为这本身是一种权宜之计，所以养廉银整体上并不完善，缺乏一套完整的实施、监察体系。其次，养廉银在实施中也有着“挂羊头卖狗肉”的弊端，并不能从根本上解决耗羡征收给人民带来的压榨。
在该政策实施的初期，养廉银在全国范围内都取了比较好的效果，所以在实施中渐渐背离仅仅是“权宜之计”的初衷，使得养廉银在实践中并不能真正地做到“养廉”，从而为养廉银立法的失败埋下了伏笔。
养廉银在实施过程中所面临的首要问题还是财源的不合法，因为它本身并不是朝廷收入的正项来源，所以这也自然会存在一定的问题，严重违背了公正原则。要知道，公正原则是一切制度实施的前提和基础，只有满足了公平公正这一原则，才能谈及其他。但很多人历来都对公正有着一定的误解，认为公正仅仅是统治者用来维持地位的工具而已。但其实并不是这样，公正是在实践中代表着大多数人的利益，并不是社会群体中所有成员利益的简单综合，或者是仅仅反映统治阶级的意志而已。不论在什么时候，公正都是各种利益群体竞争协调后的结果，他能够反映大部分人的利益。
当然了，我们不可否认的是，在实践过程中，统治阶级也会利用公正达到其统治的目的，但这同时也会在一定程度上损害到其他群体的既得利益。但我们也要注意的是，在这个过程中，统治者并不能无限剥削其他群体的利益。
因此，如何把握公正的合理限度，让公正最大的发挥其效用是历朝历代的统治者都必须要考虑的问题。如果在实践中超过其应该把握的度，统治者可能就会受到物极必反的反噬，从而也无法达到最初预期的目标。只有把握合理的限度，才能使得公正真正得以存在。
在官员俸禄中，公正原则本来就体现在财源的问题上，毕竟国家的运转、公共事务的运行都需要依靠国家的税收来加以支撑。对于国家而言，税收肯定是越多越好，但是在实践中必须要把握好税收的度;如果税收过高，那么就会增加人民的生活负担;但如果税收过低，那就会导致国库亏空、国家难以运转。养廉银在实施过程中，其财源并不是国家的正税收入，而是在正税之外，向人民多征收的钱财，因此缺乏公正的理论基础。缺乏公正的支撑，注定养廉银的实施并不是一个长久之计。
因此，高薪养廉在实践过程中，不应该通过各种方式转嫁到底层人民身上，而应该用国家财政支出，这样才能解决财源来源的不合法的问题。所以由此我们可以看出，高薪养廉在实践中给官员多少的工资，应该与国家财政负担相结合，并不能一味地提高官员的工资而不考虑自身的财政压力。
当然了，除了财源来源不合理之外，耗羡征收的方式也极其不合理。
根据相关史料记载，养廉银从山西推广到了全国之后，所使用的模式都是一样的，首先是把耗羡从各个地方统一收集到“司库”，然后再从司库向各个地方发放。这样做的好处就是限制了地方官员在进行耗羡征收时候的自由裁量权，同时还可以在全国范围内调整不同地区的养廉银数额。各地提解后再发放的一个弊端是无法阻断领取养廉银和耗羡银人员之间的联系，往往收取俸禄的人员是各地领取养廉银人员的下属，而这其中就会存在着一定的问题。
雍正帝时期所采取的统一提解后发放的模式会费时费力，在这个过程中，也增加了一定的开销，因此，乾隆时期对养廉银的收取发放模式进行了调整。当时，州县以下的养廉银不再采取统一提解发放的模式，而是直接就近收取发放，这样能够在很大程度上解决了养廉银费时费事的弊端。
从这里我们可以看到，乾隆时期就近发放养廉银是有一定合理之处的，但是其中存在的弊端更大，因为养廉银的实行者和利益享有者是一体的，中间也就没有什么阻挡。通过法学原理可以更好地理解这个方法存在的弊端。一般而言，公共利益是公权力存在的基础，不能让权力主体直接接触到利益内容，否则就很容易造成腐败。
监督在抑制腐败非常有效的方法，就是把权力主体和利益内容给阻断开，在二者之间建立起一个屏障，以此来防止腐败问题的发生。所以显然，养廉银立法在这方面就是有缺陷的。封建体制在实践过程中存在很多的问题，同时官僚集团在历朝历代中都有很大的地位和势力，所以养廉银就近发放则会导致很多的腐败问题，严重背离了养廉银设立实施的初衷。
乾隆时期，很多地方的督抚会以各种各样的理由将收取上来的养廉银私吞，所以事实上州县官员所获得的养廉银其实只有一半而已，甚至有时候一半都没有。督抚的做法使得国家对养廉银的管理和把控存在着很大的问题，其中，很多州县官员负责养廉银的收取，但他们往往把养廉银一部分私自扣留，将剩余的部分才上交给国家。由此可见，布政司把养廉银发给各州县以后，州县实际上就已经获得了养廉银。
此外，养廉银在实践过程中还存在着一个问题，即能获得养廉银的官员是很有限的，并不是所有的官吏都可以领取养廉银。当时只有地方官员才有这个资格，一些地方官员并不具备这个资格;不仅如此，他们所领取的工资也非常低，还没有补贴，养廉银的实施阻断了他们从耗羡中获得的好处。养廉银在实施之后，地方的一些官吏一般采取其他各种各样的方式向百姓收取费用，从而使得老百姓的负担并没有因为养廉银制度的实施而减轻，甚至还加重了!