从清军夜袭黄田，到收复和阗，西征主帅刘锦棠收复新疆只用了不到一年半的时间，但唯独留下了俄国侵占的伊犁。清军装备的全部是左宗棠在普鲁士订购的最新型武器，比英法还要先进，完全有能力收复伊犁，但是不能打，因为俄国在耍流氓。俄国为什么要出兵伊犁，还要从同治年间陕甘和新疆的叛乱说起。西北的民族问题，尤其是牵扯上宗教的民族问题始终让清政府如芒在背。左宗棠治理经营西北多年，给出的解释就是“有教无国”。
“朝觐”是伊斯兰教的基本制度之一，简单来说就是每位穆斯林都有义务去麦加朝圣，这在一定程度上削弱了穆斯林对其所在国的认同感。宗教在传播过程中往往与地方封建势力相结合，产生一种叫做“门宦”的制度，每个门宦的教主对信徒都有着生杀予夺的权力。
每当社会发生变革或动乱时，部分有野心的教主便打着宗教的旗号，发动叛乱自立。持续十余年，波及大半个中国的太平天国起义让西北的防务出现了暂时的真空，陕西的白彦虎、甘肃的马化龙、新疆的妥得璘等纷纷发动叛乱，而这一系列叛乱的背后都有沙俄在支持。
沙俄染指西北并不单纯为土地而来，因为此时沙俄的战略重心已经不是东方，而是南方的出海口，即英国人统治的印度，掌控新疆不过是为了确保南下时的侧翼安全。
印度是英国殖民皇冠上最璀璨的明珠，英国人自然不会坐以待毙。在英国的支持下，阿古柏击败了沙俄支持的妥得璘，又招揽了被沙俄给予厚望的白彦虎，一下就挫败了沙俄控制新疆的阴谋。
为了防止新疆落入英国人之手，沙俄打着为清朝平乱的旗号出兵伊犁，震慑阿古柏，另一方面又劝说清军出兵驱逐阿古柏，并愿意为左宗棠提供军粮。
在火车没有普及之前，农耕民族征服中亚是件极为困难的事情。茫茫草原、沙漠和戈壁让战争充满偶然性，即便清军没在战场上失利，也会被巨额的后勤成本拖垮。沙俄希望清军与阿古柏鹬蚌相争，自己坐收渔利，只可惜湘军出了一位军事天才——刘锦棠。
在左宗棠的指挥下，刘锦棠像飞得一样，从北疆一直打到南疆，沙俄的如意算盘再次被打乱。新疆收复后，沙俄如不退出伊犁就违反中俄双方的划界条约，在国际上就授英国人以柄。可是俄国人发现作为东西方贸易的枢纽，伊犁实在太诱人了。
为了赖在伊犁，沙俄只能让新疆继续乱下去，所以转而向阿古柏残部和白彦虎抛出橄榄枝，将他们安置在中亚，以每天军官五钱、士兵二钱银子待遇供养着。左宗棠向沙俄交涉归还伊犁时，新任中亚总督科尔帕科夫斯基立刻制定了一套恶毒的游击战”方案。
方案内容很简单，就是让阿古柏残部和白彦虎在新疆南部和中部不断制造骚乱，但它的恶毒之处就在于新疆有160多万平方公里，而清军只有三万驻军，机动部队能有几千人就不错了。他们只要摧毁农田，烧毁村庄，新疆就能重新陷入混乱。清军除了疲于奔命外，没有任何办法。
左宗棠收复新疆已经向借了六次洋债了，清政府断无可能再支撑一场大战。所以，左宗棠一面命令刘锦棠不惜一切代价，先打疼白彦虎和阿古柏残部，让其不敢轻易踏入新疆，另一方面朝廷争取通过外交的手段让沙俄退出伊犁。
虽然清朝第一次派出的谈判代表崇厚带了个丧权辱国的条约回来，但刘锦棠在新疆却奇迹般地打退了沙俄组织的五次大规模进攻，为后来的曾纪泽在谈判桌上要回伊犁提供了武力支持。
套用克劳塞维茨的话说：战争是政治的延续。很多时候武力是最简单的办法，但同时也是最糟糕的。沙俄搞乱新疆一次不成，可以再来几次，但清军只要有一次失败，160多万平方公里国土就会被英俄的瓜分。以大清的国力而言，用软硬兼施的办法把沙俄请出伊犁是最好的选择。