两广总督在清朝历史中，处于一个极有标志性的位置上。它是清朝第一个设立的总督。顺治三年，清军占领广州，就在这里设立两广总督，以及总兵官的职位。
广州是当时富庶之地，反抗也极为激烈。清朝需要快速消化战利品。设立两广总督，就是为了帮助朝廷镇守此地。
不过，形势实在过于复杂。第一任两广总督佟养甲，并没有顺利完成自己的任务。总兵官李成栋认为自己投降清军后受到亏待，转身又投向南明。佟养甲因此被杀。此时距离他任职，还不到三年。
佟养甲虽然下场凄惨，但两广总督的位置依然重要。不仅在于广东、广西是南方的支柱，更在于两广在贸易上的地位。乾隆以后的很长一段时间内，整个中国只有广州可以对外通商贸易。当时的广州十三行，号称富可敌国。
因此，对于两广，清朝一直很头疼。对两广总督，清朝也是特殊对待。在清朝，总督是同时管辖几个省份或地区的最高地方军政长官，而巡抚是管辖一个省份或地区的最高军政长官。
这两个职位，并非是简单的上下级管辖。虽然总督可以节制巡抚，但巡抚也可以监督总督。两个职位是互相节制，互相合作的关系。
在设立总督的省份，清朝都会让总督兼任当地巡抚。方便总督行使职权。比如说，闽浙总督驻地福州。所以，福建巡抚一职就会有闽浙总督兼任。但是，在两广总督驻地广州的情况下，清朝依然设立广州巡抚。
这既是对这一地区的重视，也是因为不敢掉以轻心。正如前面所说，总督、巡抚是互相节制、互相合作的关系。有了广州巡抚的监督，两广总督在广州，就不可能一手遮天。
这种特殊对待，除了职位的设立，还体现在两广总督辖区的频繁变动。康熙三年，广西被单独列出，另设广西总督。仅过一年，朝廷觉得不妥，又裁撤广西总督，重新并回两广总督。康熙二十六年，再次设立广西总督。两广分开。
雍正二年，广西被划归云贵总督管辖。直到乾隆年间，才重新把广西、广东并为两广总督管辖。光绪年间，两广总督又经历了两次变动。历数清朝，两广总督一共经历了七次变动。每一次变动，都代表着局势的变化。
九门提督也是一样。九门提督也经历了多次变动。作为清朝皇家禁军统领，九门提督的职权、管辖范围，经历过一次极大的扩张。最初时，九门提督只管辖八旗步兵营。
后来又增加巡捕三营，将京城地面军队，统统囊括其中。他们身上守卫北京的重任，除了保卫紫禁城外，还要处理北京城的治安问题。
一开始时，九门提督只是正二品官阶。但到嘉庆年间，京城地区治安问题日益严重。一支农民起义军竟然直接攻入皇宫。
事情过后，嘉庆皇帝震怒之下，紫禁城防卫工作被大幅度提高。九门提督也因此由正二品官阶，提拔为从一品。
跟九门提督只负责京城地区军务不同。两广总督同时管辖着地方军政。辖区内的文武官员、刑狱司法、教育民政、治灾水利、军务粮饷等，都包括在内。
一般而言，两广总督也是正二品官阶。但是，因为要负责军务粮饷、管理官员的管辖。朝廷一般会让它兼任兵部尚书衔，以及都察院右都御史的官职。
兵部尚书统管全国军事，两广总督虽只是加衔，不掌实权，但也可以节制军队。都察院右都御史则是为了监察官员。兼任这两个官职后，两广总督官阶升为从一品。由于两广总督是文官，九门提督是武将。
清朝以文官节制武将。即便不在一个辖区，两广总督地位仍高于九门提督。再加上，两广总督理论上可以兼任大学士职位，成为正一品官阶。到这个地步，两广总督对九门提督，已经是绝对压制了。