收复清朝收复台湾的是大将施琅，平定郑氏叛乱。不过施琅的最大成就可不是平定台湾，而是将台湾纳入大清的版图，设置台湾府，使台湾居于清朝统治下。
施琅攻打台湾后期，郑家军大将刘国轩降清，郑克爽见大势已去，奉表纳降，成交呈交延平王金印和户口土地册籍。
有人对施琅说让他报复杀父之仇，施琅却说，弑父之人以入土，跟其他人没关系，既然他们归降了大清就绝不能杀。果然施琅没有食言，施琅登岛之后不仅没杀郑家的人，还亲自祭祀故主郑成功，
施琅的名将胸怀让康熙非常感动，当郑氏捷报传到北京之后，康熙皇帝大喜，激动的直接把衣服脱了快递给施琅，让他穿，并且封施琅为“靖海侯世袭罔替，让他永镇台湾，”
台湾是平定了，可台湾属于海外，要怎么办？有大臣上奏说弃守台湾。当时，清廷内部对台湾地位的重要性认识不足，对是否留台存在争议。施琅上疏力主留台卫台。
在分管兵部的清朝东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅（乃分管兵部的内阁大臣潘湖叟黄锡衮的妹夫）的意见打动了康熙帝和朝中大臣，清廷终于决定在台湾设府县管理，屯兵戍守。
清廷对于台湾的态度很含糊，满人毕竟不了解中国的千年来历史，对于台湾的地位和战略意义没有任何概念。他们觉得这个地方太遥远，隔着那么一大片海域，太难管理了。
但是，施琅心里却非常清楚，若是放弃台湾，就是将那一大片海域拱手让人，且带来的不仅仅是丧失海域治权问题，更多的则是军事上的被动。
施琅据理力争，认为台湾必须守。台湾乃东南七省门户，台湾定则海疆定，海疆定则东南定，东南定则天下定，朝廷的赋税主要靠东南，如果东南不定会影响朝廷的收入。
如果台湾弃守成为无主之地，那外国人就会在台湾建立殖民地，郑克爽好对付，但是如果换成了船坚炮利的红毛夷，在想拿回台湾可就太难了，所以台湾必须守，康熙皇帝认为施琅的建议很好，就同意了他的建议，康熙二十三年公元1684年四月台湾第一次被正式纳入中国版图。
在台湾设立了一府三县台湾府下辖三个县，管辖台湾，算是中国首次在台湾设立管辖机构，同时康熙皇帝也开放了海禁，广东、福建、宁波、舟山四个口岸对外贸易，大大促进了大清跟世界各国的经济文化交流。
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施琅率兵二万余人，乘战船二百余艘出征。郑氏已于7月27日向清军奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。
康熙二十三年，清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台澎分别驻兵1万人，设官治理、筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。
台湾府，位于东南沿海的宝岛台湾，清康熙二十三年（1684年）设，隶属于福建省布政使司，距省城福州府五百四十里，又水程一十一更。四面皆海。东西距除澎湖及水程四更外，广一百里；南北距二千八百四十五里。
东至大山番界五十里，西至澎湖岛五十里，南至沙马矶头海五百三十里，北至鸡宠城海二千三百五十里，自府治至京师七千余里。清光绪十一年（1885年）改置台湾省。