据考，《伤寒杂病论》成书大约在公元200年前后，因为历史久远，并因连年战乱，再加上《伤寒杂病论》初成书时受限于传播途径，此书流传并不广泛，以至如今所见《伤寒论》各版本均有缺失。目前比较流行的、公认具有研究价值的版本主要有以下几个。
一、王叔和整理的《伤寒论》和《脉经》本
《伤寒杂病论》成书之后，由于战乱频仍，在仲景逝世不久，原书便散失不全。曾任魏、晋两朝太医令的王叔和搜集该书遗卷，并整理、重新编次。因非原书全貌，且内容多为伤寒病的辨证论治，故更名为《伤寒论》，共10卷22篇。据考证，王叔和整理《伤寒论》的时间，距仲景去世不过二三十年。王叔和还将《伤寒论》的内容收入其所著《脉经》之中，今人有称《脉经》所收录的《伤寒论》为“脉经本《伤寒论》”。
二、千金本《伤寒论》（又称唐本）
唐代孙思邈撰《备急千金要方》时，仅引证了《伤寒论》少量内容，尚未将全貌收入。但从他“江南诸师秘仲景要方不传”的说法来看，《伤寒论》的确在民间流传，是“诸师”所有，而不是个别人所收，但大家将其视为秘典珍藏，不轻示人。至孙氏晚年撰《千金翼方》时，收载了《伤寒论》的全部内容，载于卷九、卷十中，今人称之为“千金本《伤寒论》”，也有称之为“唐本《伤寒论》”。
三、外台本《伤寒论》
唐代王焘著《外台秘要》，收录了《伤寒论》的大部分内容，也收入了可以在今本《金匮要略》中见到的一些内容。因此推测，王焘所藏可能是《伤寒杂病论》的另外一个版本，并非得自王叔和所传，今称之为“外台本《伤寒论》”
四、康治本《伤寒论》
康治本伤寒论，系唐朝时期手抄卷子本，卷末有“唐贞元乙酉岁写之”的字样。19世纪中叶在日本发现，是康治二年沙门了纯抄录，全书1卷，仅存65条，50方。系从伤寒论中节录出来，但文字与之后的宋本互有异同。据推测此本应与唐代医官考试有关。唐代，国家设医官选拔制度，其中伤寒论的占到总成绩的1/5，于是应试者为求方便，将考试部分抄录习诵，于是有此本。
五、康平本《伤寒论》
康平本《伤寒论》，是日本后冷泉天皇康平3年2月17日侍医丹波雅忠据家传本抄写的。该版本比宋本早了3年，因此该书具有很高的文献意义。尤其值得注意的是，在宋本中的一些原文，在康平本中，是以注解、注文的形式出现的。康平本抄录时，有顶格、退一格、退二格的格式，顶格为原伤寒论仲景原文，退一格、退二格则均为疏注。这对后世研究《伤寒论》有很高的指导意义。
六、宋本《伤寒论》（又称治平本）
宋代校正医书局林亿、高宝衡、孙奇等人校订了《伤寒论》，并在大宋治平二年（公元1065年）刊行。《伤寒论》自此方有定本，此即宋本《伤寒论》，亦称治平本《伤寒论》。初科大字本，装订精良，但售价过高不易普及。后由高宝衡等建议，又刻小字本。但可惜的是，宋本原刻，无论大字本、小字本，如今均已不见。