八旗满洲在追随努尔哈赤与皇太极父子征战辽东的历次战事中坚定的支持努尔哈赤父子，因而深得努尔哈赤父子的信赖，至皇太极即位之后更是有过之而无不及。但是，随着一次次的对外征战，尤其是讨伐明王朝的战役之中，满洲八旗也逐渐暴露出了其严重的弊端：
一方面是满八旗仅限于平原野战，而不善于攻城掠地，在攻打明王朝的关内城池方面，远远无法与一起参战的汉军相提并论；随同参战的汉军不仅表现得同样骁勇善战，而且“谙水战，习地利，”在同明王朝的征战中，以汉兵为前驱，往往可以克服满族骑兵无所施其伎的不足。
另一方面，也是最令皇太极深感头痛的是八旗满洲自上而下的劫掠习气屡禁不止。尽管八旗自从建立之日起即以战争和劫掠为生，对此，皇太极也深表理解，但随着皇太极一次又一次地入关作战，以及由此逐渐确立的将大明王朝取而代之的思想，却使得他不得不开始认真地考虑汉族文臣如宁完我、范文程等人所提出的关于禁止劫掠的建议。不言而喻，想要将一向视劫掠为家常便饭且当做是获得生活资料主要来源的满洲八旗会遇到多么巨大的阻力。
相形之下，随同做战的汉军却经常表现出一种少有的自我克制能力，能够基本上遵从皇太极屡次关于禁止大肆劫掠的诏令。汉军在屡次征战中的良好表现让皇太极对其予以重视。
天聪五年（1631年）以前，后金军中尚无大炮，攻城时难免会受到很大阻碍。于是在该年，皇太极因永平之战俘获的王天相会造炮，命其铸造红衣炮，并始编汉军一旗，旗纛为青色，由额驸佟养性率领这支“重兵”。汉军之所以在满语中被称为“重兵”也正是由于投降汉人铸造、掌管火炮而得名，因此可知汉军创制之初扮演着八旗军队中“重炮兵部队”的角色，火炮对于后金军队的重要性也使得汉军地位获得了提高。
崇德二年（1637年）七月，汉军扩建为二旗，旗纛仍为青色。两年后（1639年）再增至四旗，旗纛为纯青镶黄、纯青镶白、纯青镶红和纯青色。不过，无论是汉军一旗、二旗还是四旗时期，旗下人丁的本籍均属满洲旗分之下，当时汉军的旗色只是为了对兵种加以区分。崇德七年（1642年）六月，由于清朝取得松锦大战的胜利，将此战降人和之前大凌河降人编立佐领，与原先的汉人佐领一同组建八旗汉军，旗色与八旗满洲相同，至此汉军开始拥有独立的旗籍。
后期发展
清朝中期出旗
康熙末年，由于八旗人丁的滋生，生计问题开始突显。清朝统治者对此的解决方式之一，便是强令资历较浅的汉军脱离八旗组织。乾隆七年（1742年），清高宗正式下令这批汉军出旗，除“从龙入关”的辽东汉军（俗称陈汉军）不在出旗之列外，汉军八旗组织中的其余部分，如入关后归附者、原属于三藩所部者等等皆在出旗之列，因此所谓的“汉军出旗”实际上是新汉军被强令脱离八旗组织。雍正元年（1723年），汉军与汉人家奴壮丁共计44万余人，约占当时八旗人丁总额的72%。至出旗后嘉庆元年（1796年）的再度统计，已降至八旗总人口的43%，可见汉军出旗之规模是巨大的。
汉军融入满族
新汉军出旗后，留在八旗之内的已基本是陈汉军后裔，他们早在清初就满化了。乾隆末年，由清朝官方编纂的《国史列传》中更将汉军名人列入《满名臣传》之中。至清末，旗内满洲、蒙古、汉军之界限更是早已消逝，旗人群体产生了共同的心理状态。汉军后裔认同满族者以平南王尚可喜的后裔较为知名，有媒体曾报道过尚氏后人并提及其满族身份。此外，清代曾隶属于满洲正白旗的明朝开国元勋常遇春九世孙常朗后裔也认同满族。
八旗汉军衰落
根据宣统政纪记载，清末汉军旗人有21,596人，而当时的旗人总数有500万之众，汉军旗人在清末仅占旗人总数的4%左右（包括汉军八旗中担任指挥官的满洲人在内）。另据《光绪大清会典》记载，清末有满洲佐领681个，蒙古佐领204个，汉军佐领266个。满洲佐领是汉军佐领的三倍左右，此外，由于受乾隆皇帝制定的汉军八旗出旗为民等政策，以及嘉庆时汉军旗人参与林清领导的白莲教里应外合进攻紫禁城，以及汉军旗人陈德刺杀嘉庆皇帝案的影响，汉军八旗自清代中期以后，势力一直很微弱。
直到清末组建禁卫军，朝廷原意要以满、蒙、汉旗人组成由摄政王直接掌握的禁卫军，但由于几乎找不到可以当壮丁的汉军旗人，朝廷不得不在京畿地区的汉人子弟中招募壮丁。由此可见，汉军八旗在清朝中期以来，几乎失去了任何影响力。